不過，最讓世人注目、也是令何鴻燊最頭疼的就是與胞妹、『十姑娘』何婉琪的糾葛了。何婉琪將兄長告上法庭，指控前者40年來以『家族丑聞』相要挾，逼迫自己放棄股權，進而騙取了上億美元資產。濠江豪門的兩兄妹耄耋反目已夠奪人眼球，加上澳門政府近年力促的博彩市場自由化，深恐受這一家族恩怨的損害，令事件背景驟然曠遠。

　　何鴻燊與比其年輕一歲的胞妹何婉琪的矛盾日趨尖銳，相關法律訴訟、威脅和指控消息時常見諸報端。事情的緣起是『忍辱負重』40年的何婉琪『奮不顧身』將一個家族秘密公諸於世，目的不是解脫自己的『個人罪惡』，而是為了對何鴻燊反戈一擊。

　　這個秘密就是，何婉琪告訴自己45歲的兒子麥舜銘，他的真正父親不是他一直叫父親的那個人，而是他的堂叔、自己的堂弟何鴻章——香港開埠首富何東爵士的第三代嫡系掌舵人。麥舜銘此前一直對他的長相頗多疑慮，這時纔終於知道，早在1941年，青春年少的何鴻章和何鴻燊之妹何婉琪在一次家庭聚會上的墜入愛河，並未因當時遭到家裡的強烈反對而灰飛煙滅。

　　知曉這一秘密的還有何鴻燊，這是令何婉琪無比憤恨的一點。她說，數十年來，自己因此屢屢遭到何鴻燊的勒索，何鴻燊要自己幫助其在澳門附近打造賭博帝國，否則就把丑聞公諸於世。而且，何鴻燊還利用麥舜銘的身份問題迫使自己放棄在賭博業務中的不少股權，從中騙走了上億美元的資產。

　　於是，何婉琪決定發起反擊，借助管理賭場近25年來積累的豐富經驗，試圖收回自己的部分權益。何婉琪收集了很多證據，她的文件也部分地揭開了澳門博彩帝國——澳門旅游娛樂有限公司的神秘面紗，從公司的最初成立，到運作甚至經營黑幕。

　　何婉琪提交的材料還涉及何鴻燊的公司無視澳門政府禁止賭博業放款的嚴格規定，向罪犯和臭名昭著的犯罪團伙成員提供借款，以及公司違反章程，多年來扣留本應分配給股東的近40億美元利潤等等。

　　『十姑娘』何婉琪在4年前入稟控告兄長、澳門『賭王』何鴻燊，指兄長未經她同意，擅自將兩兄妹持有股份的雅景地產投資有限公司撤銷注冊，當中有偽造文件之嫌，要求何鴻燊作出賠償以及讓她查核公司賬簿。

　　該案件經過多次上庭審理，9月1日，澳門特區高院接納了何鴻燊的申請，剔除『十姑娘』大部分指控，同時拒絕『十姑娘』的索償要求，判何鴻燊勝訴兼有權取回訴訟堂費。

　　其後，『十姑娘』又報警，指稱有人偽造文件詐騙。『十姑娘』最後選擇向澳門法院申請再注冊雅景地產，並於2004年3月跟胞兄庭外和解，終止有關錯誤撤銷注冊的官司，但『十姑娘』堅持要何鴻燊支付堂費。雖然有關案情還沒徹底了結，但何鴻燊擺平這個糾纏幾年的心結應該已經沒有懸念了。

　　流失海外達143年的北京圓明園大水法豬首銅像2003年9月19日回到北京。正是愛國商人何鴻燊出資購回豬首，纔使得國寶重新回歸祖國。據說，當時何鴻燊在保利集團的朋友陪同下，在北京參觀保利藝術博物館，見到不少文物珍品，觀賞過程中，何先生突然看到三只野獸頭，分別是牛、猴、虎，並深深為之吸引。這時候，旁邊的朋友說，這是重金收回的被掠國寶，中華搶救流失海外文物專項基金已經在美國尋訪到豬首銅像的下落。經過努力爭取，美國收藏家同意將豬首銅像轉讓給該專項基金，不知道何先生能不能出手相助。『好，為國家做些事情，沒有問題！』何鴻燊笑著說。

　　2003年9月，何鴻燊向該專項基金捐款人民幣600餘萬元將豬首銅像購回。

　　何鴻燊既是掙錢的行家，也以豪爽捐贈而聞名。他捐助慈善事業無數，對內地更是情有獨鍾。他為籌建北京人民大會堂『澳門廳』數度捐資；1999年3月，又率先出資300萬美元，支持北京興建中華世紀壇，表達對新世紀來臨的祝願。北京申奧成功後，何鴻燊多次表示，他將盡力支持北京辦好2008年奧運會。出於對祖國『科教興國』的支持，何鴻燊還於1990年成立了『何鴻燊航天科技人纔培訓基金會』，並於1993年在河北廊坊市建造"何鴻燊培訓樓"，用作培訓航天科技人纔。

　　2007年9月初，蘇富比發布消息稱，將以『八國聯軍-圓明園遺物』專拍之名拍賣馬首銅像。消息傳出，各界嘩然。中華搶救流失海外文物專項基金率先發表聲明『堅決反對公開拍賣馬首銅像』，並提出應以公益方式實現馬首回歸。關鍵時刻，港澳愛國企業家、國寶工程顧問何鴻燊博士於9月20日在拍賣會舉行之前以6910萬港幣購得馬首銅像，並宣布將其捐贈國家。

　　『六千九百多萬港元確實是貴了一些，但為了讓國寶回歸祖國，貴點也值了。』何鴻燊坦率地說。

　　據收藏界人士介紹，圓明園海晏堂御制馬首銅像是清朝乾隆年間修建在圓明園的十二生肖報時噴泉(俗稱『水力鍾』)邊的飾物。十二生肖動物銅像人身獸首，以盤坐之態作雙半月形分列噴泉之左右，各自按其代表的十二時辰，依次輪流報時。馬首銅像本為噴泉左邊列第三的生肖銅像。

　　『得知要拍賣馬首銅像的消息後，大約在一個月前，我通過香港蘇富比拍賣公司聯系到了那位臺灣收藏家。』何鴻燊說，當時的拍賣底價定在6000萬港元，蘇富比拍賣公司則預測，馬首銅像至少可以拍得8000萬港元。

　　何鴻燊在購得馬首銅像後於2007年10月在香港展出，隨後將轉往澳門。後經多場展覽結束後將運回北京，送交國家博物館保存，與虎、猴、牛、豬等獸首銅像『團聚』。