當地時間月13日,菲律賓司法部部長德利馬表示,3名留至挾持槍擊結束後纔離開的生還人質的口供,與旅游巴司機盧邦指,遇難的香港人質是遭門多薩近距離射殺的口供吻合。
9月13日,菲律賓調查人員在菲司法部內使用模特再現劫持大巴場景。菲律賓司法部調查專責委員會一改此前不排除人質被菲律賓警方槍械發射的子彈擊中致死的說法,稱事件中的死者是遭門多薩近距離射殺。