抗戰之初，國民政府曾設想組成東南、西北、西南三個聯合大學，以拯救淪陷區高校，維持戰時高等教育，既有聯合辦學的實際考量，亦有共赴國難的象征涵義。不過，東南聯大胎死腹中，西北聯大先合後分，唯有西南聯大苦橕三年之久，教育部乃至最高當局當然不會坐視碩果僅存的“教育合辦事業”就此解體。
西南聯大首當其衝要面對的就是吃飯(經費)問題……
“分校”之聲再度響起
國立西南聯合大學由北大、清華和南開三校組成，三校之間關系如何，將決定西南聯大的命運。當年一些清華人就認為，“論設備，論經費，論師生的人數，都是清華最多，依世俗的眼光看來，這一聯(合)，清華是劃不來的，反面看來也可以說，清華在聯大佔了壓倒的優勢”(傅任敢語)。事實上也確實如此。由三校校長組成的常委會，大部分時間是由梅貽琦擔任主席，主持日常校務。
這並非僅僅是君子之間的謙讓或梅貽琦年齡最輕理應多負責任，而是一種實至名歸的自然結果。南開校長張伯苓常駐重慶，參與國民參政會事務，兼理南渝中學，大學事宜委諸秘書長黃鈺生教授代理，黃乃清華畢業。梅貽琦則是南開學校首批學生，對伯苓師執弟子禮，而張伯苓、張彭春昆仲又曾先後出任過清華學校教務長，兩校之間有著“通家之好”的淵源關系。故而南開方面始終平靜如水。
北大則不然，校長蔣夢麟的政治地位和社會聲望當時均在梅貽琦之上，雖然蔣校長秉持“對聯大事務不管即是管”的超然姿態，刻意維系大局，但涉及北大自身利益也不可能全然不顧。問題在於，業已習慣以“最高學府”自居的北大教授群體對聯大體制下的“邊緣化處境”，顯然難以安之若素。蒙自分校時期，北大師生即有“獨立”吁求；1940年日軍侵入越南，昆明告急，政府諭令聯大遷移入川，在走留之間的爭執中再度響起“分校”之聲。
可知聯大體制最初並不牢固。
經費問題浮出水面
北大的“離心”傾向並非僅是出於傳統的“自尊”，而是與諸多實際利益相勾連，譬如財政經費問題。
據梅貽琦日記載述:1941年3月下旬，清華校務會議“決定讓售北大美金三千元”，透露出北大財政吃緊的訊息。
僅僅過了兩天，蔣夢麟與梅氏之間就有如下的談話:“蔣談及研究問題，謂宜由三校分頭推進。餘表示贊同。餘並言最好請教育部不再以聯大勉強拉在一起，分開之後可請政府多予北大、南開以研究補助，清華可自行籌措，如此則分辦合作更易進展矣”。
看來，兩位校長對於聯合辦學也並不“執著”。隨後，梅貽琦接到教育部次長顧毓琇(一樵)的電報:“謂八十萬美金聯大可分得三萬八千元，同仁聞者大嘩……共商一代電稿，再試一爭，恐或無結果耳”。聯大三校在教育部經費分配中所佔份額比預期的要少許多，教師們難免心有不甘要奮力再爭了，可是梅校長心裡清楚，回旋餘地不大。而這更加重了聯大的危機感，梅貽琦的心情此刻決不輕松。
一個星期之後，他約請葉企孫、陳岱孫、吳有訓、馬約翰等清華元老及高層便飯，商談“關於聯大與三校關系將來可能之演變問題”，作未雨綢繆之想。其後，梅貽琦又赴玉龍堆3號訪晤南開教授王贛愚、楊石先、陳序經等人，或許也是通報有關的情況亦未可知。
昆明西南聯大上空籠罩著一片烏雲。
教育部提出折中方案
事態發展更有急轉直下之勢。
4月中旬，清華秘書長潘光旦自重慶歸來見梅貽琦，“以蔣(夢麟)校長留渝向教育部商量經費問題所提‘辦法’見示”，梅氏“閱之極為不安，不知應如何對付也”。翌日晚，即“作長信與顧一樵，論蔣所提‘辦法’中困難之點，信中不免牢騷語，實亦心中甚感郁悶，不覺溢於言表耳”。
蔣夢麟此前曾赴渝向教育部提議由清華撥款80萬補助西南聯大，並請求北大預算獨立劃撥。顧毓琇原本清華工學院院長，現居教育部要職，梅貽琦向其“懇切陳詞”，自然也就直言無隱。蔣夢麟此舉蓋屬事出無奈，而清華方面動用基金更是頗感棘手。上一年(1940年)中央大學校長羅家倫在國民黨中央全會上就曾提議:向中華教育文化基金董事會和清華大學各借美金一百萬，“以挽救全國教育危機”，遭到清華教授會的“絕對堅決反對”。此次北大“舊事重提”，清華方面的壓力和反彈可想而知。
數日後，梅貽琦再次召集清華校務會議商討對策:“最後決定二原則:1.倘北大同仁果願另起爐灶，則可三校預算分開，清華對於聯大負其全責；2.倘只令清華向聯大撥出應攤之八十萬，則聯大所多出之八十萬為補助各校研究費者，清華應分得其比例應得之數”。會議還商定由文、理學院院長馮友蘭、吳有訓訪晤代理北大校務的周炳琳(時蔣夢麟到訪香港)，探明北大意向後再作決定。
教育部很快提出了折中方案:擬由清華借款五十萬補助聯大用作研究費，三校按比例分配支用。梅貽琦傾向於接受這個方案，但必須做通清華教授會方面的工作，延至5月上旬，召開清華教授會，與會者四十餘人，發言者十多人，“最後未有決議，但多數似願接受餘之建議，惟對於蔣(夢麟)公之做法多感憤慨耳”。當晚續開評議會，“關於補助聯大研究費事決定四原則:1.辦法商妥後先由校提議再請部核准；2.盡校款能自撥為限，不另借款；3.出五十萬分兩年內撥付；4.三校依原預算比例領用”。
事態峰回路轉，似乎接近於解決。
聯大體制步入穩定期
其間，蔣夢麟自渝、港返昆後，與梅貽琦曾作一夕長談，彼此溝通，求得相互體諒。
5月中旬，梅貽琦“至聯大辦公處與鄭毅生(即鄭天挺，北大秘書長，時任聯大總務長)談二事:1.告以清華擬補五十萬事，因恐昨日與蔣君略談者或未明了。鄭謂北大明日將有校務會議，再行計議，大家之意擬不接受，而專注意於預算之確定；2.告以餘願蔣君繼任主席至少一年，蓋吾二人原無所謂，但校中人眾，如此似較好耳”。梅貽琦希望與蔣夢麟輪流擔任聯大常委會主席，其尋求平衡息事寧人的用意十分明顯。
不過，北大方面的主要訴求在預算獨立，補助款項似尚在其次。所以兩天後蔣夢麟向梅貽琦通報了北大校務會議結果，梅與清華同人商定:對於北大方面“仍以預算獨立為向教育部交涉目標，清華深表同情並望其成功。至於清華所擬撥補聯大五十萬之辦法，則須視將來演變如何酌為辦理耳”。
對策方略既定，梅貽琦隨即飛赴重慶，於5月19日見教育部長陳立夫，梅氏日記詳細記錄了此次談話要點:
“關於研究費問題，陳問是否與蔣(夢麟)已商妥數目等點。餘謂初已商有辦法，後北大方面仍主成立獨立預算，蔣謂日內將有信與部長詳陳。陳問:是指研究費抑指整個預算？餘答:是指每校整個預算；大約北大同仁意見欲有獨立預算，然後由各校預算撥提一部作聯大經費，而以其餘作各校自辦事業費。陳搖首，謂:如此辦法未妥，聯大已維持三年有餘，結果甚好，最好繼續至抗戰終了，圓滿結束，然後各校回北邊去。且委員長有主張聯合之表示，未必肯令分開(教育合辦事業多未成功，西南聯大為僅有之佳果)，而物質上(指預算)如分開則精神上自將趨於分散，久之必將分裂，反為可惜，故不若在研究工作各校自辦為是”。
5月30日，梅貽琦“午前發致蔣校長電，告預算追加三成”。至此，籠罩在西南聯大上空的烏雲漸漸散去，三校合作的聯大體制開始步入穩定時期。
需要注意的是，這其中撥雲見日的主導力量並非所謂追求自由價值的知識分子，而是設在戰時陪都重慶的國民政府。
