在3月11日國務院聯防聯控機制新聞發布會上，生態環境部應急辦主任趙群英在答記者問時說，從飲用水源地的監測結果來看，受疫情防控開展消殺工作的影響，餘氯有檢出，但監測濃度均低於自來水水廠出水水質標准。

疫情發生之後，生態環境部高度重視，在1月30日就印發了《關於做好應對新型冠狀病毒感染肺炎疫情生態環境應急監測工作通知》。這個《通知》明確兩個重點。

一是將飲用水水源地環境質量作為重點來進行監控。在原來常規監測指標的基礎上，增加餘氯和生物毒性等疫情特征指標。

二是優化自動監測網絡的監測模式。減輕疫情防控對這些自動站點的影響，發揮監測網絡的預警作用。

大氣方面，從2020年1月20日到3月7日監測統計的結果表明，337個地級以上城市平均優良天數的比例是84.5%，比去年同期上昇11.4個百分點。PM2.5平均濃度為45微克/立方米，同比下降19.6%。

水質方面，1817個國家自動站預警監測數據顯示，I-III類水質比例是86.1%，IV、V類的比例11.7%，劣V類也就是最差的水體佔2.2%。和去年同期相比，I-III類增加8.5個百分點，中間的IV、V類下降了5.1個百分點，劣V類水質下降了3.4個百分點。

從飲用水源地的監測結果來看，累計對飲用水源地開展了14915次監測，未發現受疫情防控影響水質安全的情況。開展了1901次的餘氯監測，受疫情防控開展消殺工作的影響，其中54次餘氯是有檢出的，佔比2.8%。但是監測的濃度均低於自來水水廠的出水水質標准（0.3mg/L），這不影響自來水廠的水質情況。