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明天台灣將以“臺、澎、金、馬單獨關稅區”的名義成爲世界貿易組織的正式成員。根據相關協議，在2002年或2004年，臺灣須將100多種進口藥品及醫療器材的關稅降至零，但從大陸進口的部分中藥材將課徵關稅，臺灣市場上常見的中藥材價格將上揚。
爲了加入WTO，臺灣“衛生署”藥政處花了兩年時間將臺灣製藥規範的優良藥品製造標準GMP升級爲現行優良藥品製造標準cGMP，目前已有近百家臺灣本土的藥廠被淘汰。但經過這次改造後，大陸的藥品將很難衝擊臺灣本土的製藥業。“衛生署”藥政處指出，大陸雖有6000多家藥廠，但只有100家符合GMP標準，雖然少數幾家樣板藥廠正在推動cGMP，但大陸西藥在臺灣法規嚴格把關下，對臺灣製藥界幾乎構不成威脅。
不過，“衛生署”中醫藥委員會指出， 對一般市民而言，日常進補常用的中藥材如當歸等，“入世”後價格將會變貴。臺灣的中藥材95％依賴大陸，其中一部分常被用來食療、進補的中藥材，將比照農產品課稅，稅率是15％。
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