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接到傳染性非典型肺炎病例和疑似病例報告後，報告病例的醫療機構所在地的縣區級疾病預防控制機構或省級衛生行政部門指定的疾病預防控制機構要在最短時間內派出流行病學調查人員，對報告病例進行流行病學個案調查，同時，派出消毒專業人員到病家和病人的其他滯留地點進行終末消毒。
以上是衛生部日前公佈的傳染性非典型肺炎流行病學調查指導原則中規定的病例個案調查中的一項程序。指導原則還規定了病例個案調查時，流行病學調查人員要認真、詳細地瞭解和記錄患者發病後到過的地方、乘坐過的交通工具和與其有過密切接觸的人員的有關情況。
病例個案調查的程序與方法還包括，對病例進行個案調查時，儘可能由病人自己回答調查者所提的問題，收治病人的醫療機構和醫護人員要積極配合，並如實提供病人相關診療資料。如病人因病情較重或已死亡，無法實施對病人的直接調查時，應通過其親友、同事或其他知情人瞭解情況，完成調查。
疑似病例確診、病人痊癒出院或死亡時，收治病人的醫療機構要將病人的診斷、轉歸情況報告所在地疾病預防控制機構，同時要登記姓名、病歷編號、國標碼、住院號資料，納入當地疫情報告系統。必要時疾病預防控制機構要進行隨訪調查。
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