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在抗擊“非典”的非常時期，作爲我國人口密度最大、人員往來最頻繁的長江三角洲地區，兩省一市的黨政機關和醫療衛生防疫部門根據中央精神，在佈置屬地化管理網的同時，加強了區域合作，佈下一個“區域協防網”。雙網齊下，使“長三角”地區的疫情保持了平穩可控狀態。
“五一”前，浙江、江蘇的分管副省長就帶領衛生等部門的負責人專赴上海，三方就如何借鑑彼此防治的經驗、應對非典疫情擴散和如何開展聯手協作等進行商討，形成了“長三角區域聯防協議”。
在滬寧、滬杭高速公路上，每天往返的車輛多達六七十萬輛。如此頻繁的人員流動，一旦出現疫病流動，就可能產生“多米諾骨牌”效應。但這兩條交通大動脈的運行效率又關係到“長三角”的經濟大局。如何做到檢查不漏，又保證車輛暢通無阻？滬杭高速公路上毗鄰而居的上海楓涇收費站和浙江大雲收費站共同採取了一個辦法：司機在一個收費站填寫兩張《健康登記表》，一份留給上海，一份交給浙江。根據“長三角區域聯防協議”，上海市於5月9日規定，未辦理《健康聯繫卡》的客車人員一律不得離滬，避免疫病從上海流入蘇浙。浙江省交通廳則規定，從5月14日開始，上海乘客可憑在上海填寫的《健康申報表》進入浙江，毋須下車再測體溫及填表，減少重複檢查。除健康登記互認制度外，兩省一市還建立了以副省長或副市長牽頭，衛生、交通、公安等各部門分頭負責的溝通渠道，及時開展疫情通報和防治經驗交流。
上海傳染病醫院曾收治過一名疑似病人。病人在發病前曾到過浙江，得到上海方面的通知之後，浙江省立刻對這位患者曾經住過的賓館進行了全面消毒，並隔離留觀了與其有過直接接觸的8位服務員和患者親友的家庭，對其親屬所在的工作、學習場所進行了徹底消毒，對相關人員進行了多次隨訪和兩次體檢。
江浙滬三省市在物資調配和科研開發上也進行了合作。4月19日，浙江省由於生產口罩的原材料供不應求，導致口罩脫銷。4月30日晚，江蘇無錫市紡織產業集團提供的12萬米紗布運抵浙江，並及時調撥到仙居、武義等生產企業，確保了生產所需。
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