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由於全球氣候變化，自20世紀50年代以來，黃河源區的水均衡處於負均衡狀態，只有豐水年份纔出現正均衡。進入20世紀90年代後，乾旱化趨勢加劇，大量中小型湖、塘乾涸，草場大面積退化和荒漠化，沼澤溼地失水嚴重，一些外流湖變爲內陸湖，生態環境退化。此外，多年凍土層出現萎縮，引起凍結層疏幹；開採砂金對河谷平原區含水層結構徹底破壞，切斷了地表水對地下水系統的補給；過度放牧對草場植被破壞，造成草場退化，源區水源涵養能力降低，造成地下水補給量減少，區域地下水位下降，使得黃河源區水環境惡化。
黃河源區黃河斷流是內、外力地質作用的結果，一是青藏高原隆升河流侵蝕下切作用強烈，引起區域地下水位下降，地下水含水系統遭受破壞，溼地、湖泊縮減，造成水資源調蓄能力降低，當冬季地下水調節量不足以維持徑流時，出現斷流；二是植被退化，土壤涵養水分能力降低；三是氣候原因，冬季極低溫造成河流“連體凍”式斷流。今後黃河發生斷流的頻率將會增高。
黃河源區黃河斷流原因的查明，對黃河源區生態環境的保護和治理以及對當地農牧業佈局和經濟可持續性發展等都具有重大的現實意義。
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