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歌頌天皇統治的《君之代》在19世紀80年代的明治時代成爲日本國歌，那時也正是日本對亞洲國家進行侵略擴張的開始。
第二次世界大戰期間，日本入侵了包括中國在內的亞洲許多國家，“日之丸”和《君之代》所到之處，無數民衆被無辜地殺害。“日之丸”和《君之代》也成了軍國主義的象徵。
1945年8月，日本宣佈無條件投降，盟軍曾一度禁止其懸掛“日之丸”。《君之代》雖然未被禁止，但是當時日本文部省還是“自覺地”在教科書中刪除了有關齊唱《君之代》的規定。然而，隨着戰後日本的重建，日本文部省1958年制定的《學習指導要領》中又表示“希望”中小學校在舉行各種儀式時懸掛“日之丸”，齊唱《君之代》。
在日本文部省1989年制定的《新學習指導要領》中，對此作了進一步規定：中小學校舉行畢業儀式和入學儀式時，必須懸掛“日之丸”和齊唱《君之代》。
1999年，日本廣島縣立世羅高中校長石川敏浩在家自盡，石川自殺的原因就是由於廣島縣教育委員會要求縣內所有學校在畢業典禮上必須掛起“日之丸”並齊唱《君之代》，世羅中學教職工對此表示強烈反對，石川苦於沒有對策，既不能向上司交代，也無法安撫屬下教職員工，結果只得自尋短見。
1999年6月，日本政府向國會提交了將“日之丸”和《君之代》分別定爲國旗和國歌的議案。同年8月，日本國會通過了這項議案。
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