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楊石先是我國著名教育家、化學家。曾用名楊紹曾，遠祖爲蒙族人，蒙姓浣顏石花，1897年1月8日生於杭州一個沒落封建官僚家庭，祖籍安徽懷寧。
楊石先從小聰明、文靜，被認爲有唸書的天資。所以祖父給他這個家孫取名紹曾，意思是繼承曾祖父的事業。其曾祖在清朝做過四川學臺、國子監學官、翰林院學士。
楊石先五歲進家塾，先是識字，背《千字文》，繼而背《四書》，背不熟，就要遭到訓斥、罰跪。家塾教育在楊石先幼小心靈中，留下了暗影。
楊石先祖母能文善詩，性情溫和，而又處事幹練。她每大教兒媳和小孩子們唸書習字、背誦詩詞。由於祖母態度和藹、親切，不施加壓力，楊石先學起來覺得很有趣，比在家塾裏的教益大。
楊石先從小喜愛花草。童年時，每逢清明時節他都跟隨母親到龍井爲外祖父母掃墓。往返途中，他總要多少次地跳下轎來，採集路邊的花草。回到家以後，他的第一件事，就是忙着把轎裏的花草拿出來，讓大人幫他栽到院子裏。杭州有個風俗，每當舊曆年節，家家戶戶都用蘭花供祖。所以年節臨近，家裏總要買不少的鮮花，什麼水仙、梅花、蘭花，一盆盆、一簇簇。他最喜歡蘭花。祭祖之後，他捨不得扔掉，總是要大人幫他栽種起來，而且每天都忘不了看看它們，給它們澆澆水。家裏人都說他是個“養花迷”。
楊石先喜歡花草，而他弟弟調皮，愛玩棍棒。有意思的是，在他們那麼小的時候，父親根據他們不同性情、愛好，不以爲然地爲他們預言未來了。父親說：“將來讓紹曾學農，弟弟好動，長大學工”。想不到，這話真的爲他們後來終身從事的事業確立了目標。
他六歲時，離開杭州，到了濟南。十一歲時，他又隨家遷津，考人了天津民立第二小學高小二年級。在這裏，他第一次接觸化學。每次化學課老師都爲同學們做演示實驗，從玻璃儀器的安裝，到氫氣、氯氣、硫酸之類的製備等等，一年裏做了四五十個。到高小三年級，他又觀看了幾十個聲、電、光、磁方面的物理實驗。這些實驗爲他揭示了一個嶄新而又神祕的世界。他多麼渴望能夠洞悉其中的奧祕啊！
1910年，楊石先的蒙學時期結束了。他先報考了天津南開學校，而後又去報考了剛剛成立的清華留美預備學校。這個學校是美國利用“庚款”的一部分興建的。它既不收學費，又免繳膳宿費，而且將來還可以出國深造，吸引了衆多的有志青年。清華學堂的招生除按各省攤繳“庚款”的多少選送學生外，另在北京直接招考三百名。考試那天，貢院學部考棚擁塞着數千人。人學的競爭是非常激烈的。楊石先對他的考績既不沮喪也不樂觀。回津後，他接到了南開學校的錄取通知。數月後，清華學堂也錄取了他。這使他喜出望外。
一輛驢車把他從一條土石官道送進了清華園。這是一處清朝皇室的賜園。園內林木蔭翳，建築古樸，聽不到喧鬧的市聲，恐怕當時沒有一個學校具備比清華更適宜的學習環境了。除去1911年因辛亥革命爆發，學校遣散學生，宣佈停課半年外，他總共在這裏度過了難以忘懷的八個年頭，接受了完整的中學教育及初級的高等教育。
清華學堂設中等、高等兩科，各修業四年，課程都是爲學生將來留學美國而特設的。方法是提倡自學自習，藉以使學生熟悉美國的教育習尚。對中等科學習的課程，楊石先都有較好的基礎，但課程都用英語講授，這對他卻是完全陌生的。爲了學好英語，他和幾個要好的同學訂了個“君子協定”，約定日常會話完全用英語，違者罰一銅板。每到星期日，他們常常帶着罰得的十幾個銅板，跑到校外去買炒花生米，一飽口福。經過一年多的努力，他差不多克服了外語上的障礙。隨着英文水平的不斷提高，他常常幾天讀完一本書。八年裏，學校圖書館不少英文文藝書籍的借書卡上，都留下了他的名字。但這種枯燥刻板的生活，過度的勞累，卻悄悄地然而嚴重地損害了他的健康。他經常咳嗽，一患感冒就很不容易治好，體質漸漸地虛弱下來。
一次，楊石先病倒了。清華校長周詒春帶他去見美國神甫校醫鮑爾伯。校醫爲他檢查後，又送他到協和醫院透視。楊石先不由得緊張起來，但當他走出暗室時，聽到神甫說“孩子，感謝主保佑”的話，他才鬆了一口氣。
這件事引起了周校長的關注。他開始發覺學生們的體質存在着問題。爲此，他“約法三章”，採取了強制體育鍛煉的辦法。他讓每個學生必須早晨出操；午後四點關閉教室，所有學生必須參加體育活動；晚九點一律就寢。他對學生們說：“體育是完整教育所不可缺少的”。楊石先長久以來養成了不好動的習慣，常常逃避上述約束。一次周校長到操場巡視時，發現他躲在僻靜處看書，便嚴厲地質問：“你爲什麼違反校規”？他緊張得無言以對。周校長轉而關切地說：“這樣會把身體搞垮的”。又問：“你將來想於什麼？”楊石先說：“當個科學家，用科學技術救國”。校長微微一笑：“你的志向雖然很好，但恐怕難以實現”。“爲什麼”？“因爲你不愛運動，身體得不到鍛鍊。像你這體格，將來如何耐得勞瘁，學成也無法任事，談何救國！”
周校長的告誡給了楊石先很大的震動，從此便強制自己參加體育鍛煉。起初不過勉爲其難，慢慢地領略到它的益處，後來竟至樂而不倦了。爬山是他最喜愛的一項運動，國內名山爬過很多。假期，他常和同學相約去登山旅行。他曾經登泰山觀日出，爬黃山賞雲海……。
清華學堂的生活是豐富多彩的。教師與學生接觸很多，他們常常邀請學生到家中作客。楊石先多次被邀請，給他以賓至如歸的親切感覺，但也有使他感到窘迫的時候。有一天，他在校園裏遇見了那位曾給他看病的神甫校醫鮑爾伯。神甫顯得很親切的樣子說：“孩子，你很聰明，也很誠實，你日後要想有所作爲，首先要解脫你精神上的負擔，做一個上帝的忠實信徒。”他遲疑地注視着神甫說：“先生，我從來沒想過這件事”。神甫想說什麼又停住了，然後把一張貼子遞給他說：“我給你時間仔細考慮”。儘管沒想出得當的對策，晚上他還是奉約叩響了神甫的家門。神甫激動地叫道：“你果真來了，我覺得你是信任我的。”楊石先侷促不安地坐下來，一邊聽着神甫的講道，一邊望着那掛在壁上的耶穌蒙難十字架，竭力尋找它們和他的理想之間究竟有什麼聯繫。這時，他覺得這位神甫竟是一個他所不瞭解的陌生人。終於，他耐不住了，便對神甫說：“先生，我要讀書，我不想把自己的生活由課堂轉到教堂。”於是他便如釋重負地離開了鮑爾伯神甫的家。
對於宗教，當時楊石先在理性上並無認識。但他小時從父親那曾聽到過有關山東、天津等地鬧“教案”的事情，這使他從小就對宗教的所謂聖潔存有懷疑心理。特別是他感到宗教和他的理想之間並無共同之處。如果人教就要每天讀聖經，並且還要經常跑到城裏的教堂，參加那些繁瑣的宗教儀式。他不願爲此而浪費光陰。
楊石先從小立志要成爲一個科學家，做一個對國家有用的人。但生活對他並不格外寬厚，他曾遇到了外語的障礙、病痛的困擾和宗教的誘迫，如果不是爲了追求一種崇高的理想，單是這些就足以使他垂頭喪氣了。但他憑着拯救祖國的赤子之心，經過八年的寒窗苦讀，終於以優異成績完成在清華的學業。1918年夏，他告別了祖國赴美留學。
美國康奈爾大學是一座學術優良的學校。楊石先進入該校最負盛名的農科學習。康奈爾大學很重視大學部的教學水準，一些初等課程常由著名教授講授。但是後來，學校有名的農學教授大都被派往歐洲，幫助恢復那裏遭到第一次世界大戰破壞的農業。楊石先並未因此感到十分沮喪，他決意另闢蹊徑。他看到，化學在人類生活中的地位越來越重要；他受到的植物學教育，又使他發現，農業的進步也是和應用化學的成就分不開的。於是，第二年他決定改修化學。
他身在異邦，常常爲祖國的衰弱而憂慮。念及祖國的前途，越發使他刻苦學習。他經常是帶着簡單的午餐走進課堂、圖書館或實驗室，將近午夜才離去。他的各門功課總是班裏的前三名。1921年，他取得應用化學學士學位後，進了研究院。1923年，當他只差一年讀完博士學位時，忽接家書，得知父親失業，在北京安徽會館靠掛牌子賣字度日，全家生計無着。他只好接受導師的建議，用完成的部分論文通過了碩士學位考試啓程回國。
回國途中，他在船上與清華同學李濟相遇。李在哈佛大學取得博士學位後已受聘於南開大學，後來成爲著名的人類學及殷墟考古學專家。李問：“有沒有接洽任何機構？”“已有人推薦去浙江大學”。李介紹說：“南開大學張伯苓校長辦學出色，他那裏正缺化學教授”。當時的南開大學經費支細，教員缺乏，首屆畢業生僅有十二人.遠不是一個學府勝境。但是，楊石先經過一番考慮，還是選擇了待遇雖微薄，而受政府勢力影響較小的私立南開大學，作爲他潛心追求“教育救國”道路的起步之地。
不久，楊石先在北京家中完婚。他的夫人劉崇瑜是其清華同學劉崇(左金右宏)的妹妹，畢業於華南女子師範學校。她能詩善畫，柳體字寫得很漂亮。除抗戰期間，她在家館教過英文和國文外，一直在家料理家務。有了這個賢內助，才使楊石先得以集中精力於他的事業。
在南開，楊石先和邱宗嶽教授通力合作，擔負着全校化學課的教學工作，深得校方信任和學生愛戴。1929年，他得到學校資助，再次赴美深造。張伯苓校長對他說：“你是南開享受教師學術休假制的第一個人，出國期間的工資照發。”他在耶魯大學任研究員，進行雜環化合物合成的研究工作，因成績出色被推選爲美國“科學研究學會”榮譽會員。1931年，他在獲得化學博士學位後，取道歐洲，訪問了許多著名學府。在德國，他謝絕了諾貝爾化學獎獲得者威朗教授的挽留，於“九一八”事變前二日，經西伯利亞回國，繼續在南開大學執教。
在教學中，楊石先要求學生嚴格卻不苛求，待人平易但絕不容忍學習懈怠。他非常關心學生，儘量縮短師生間的距離，使學生能夠對學習的內容有深人的瞭解。一位美籍中國血統學者回憶他三十年代大學生活時曾寫道：“南開大學不僅是一個教育組織，而是一個大家庭。師生間的距離可以說沒有。楊石先老師的化學課對我說來，並不是本系課程，但是他對每個學生單獨的關切，過了幾十年的長遠時間，還是歷歷在目”。楊石先與學生間的這種融洽關係充分體現了後來爲人稱道的南開的一種優良校風。
三十年代的南開大學已略具規模。但是如何使南開化學系成爲國內學術優良的系科之一呢？他認爲：如果各學科平行發展就無法和一些著名大學相比，南開化學系應搞出自己的特點來，爭取在幾年時間裏使之爲人刮目相看。他經過縝密地分析、比較.提出以有機化學爲重點的發展方向，並得到系主任邱宗嶽教授的支持。其後，他們陸續從國內外聘請了多位專長有機化學的教授來任教，這就爲南開化學系後來形成自己的優勢和特色奠定了最初的基礎。
化學是實驗的科學。楊石先不僅非常重視基礎理論的教學，而且很早就注意到對學生實驗操作能力的培養。因爲他在美國留學時，兼管過實驗室工作，曾親眼看到有些中國留學生疏於實驗操作，以致常常用飯費賠償損壞的儀器，結果不得不忍痛改換專業。他常常以此告誡學生，只在讀書方面下功夫而忽視實驗能力的訓練是不行的，因爲任何理論和假設都必須通過實驗來驗證，真正的知識是從實驗中獲得的。爲此，他親自從國外購買儀器，不斷完善實驗設備，並經常到實驗室指導學生做實驗。四十年後，他針對教學和研究工作中不重視實驗的時弊，又多次重申上述主張。由於他的努力倡導和躬親示範，重視學生的基本科學訓練已成爲南開幾十年來師承的傳統，並在國內化學教育領域中有着很大影響。
1937年蘆溝橋事變後，戰火蔓延天津。當時日寇經常到學校竄擾，情勢十分危急。張伯苓校長正在廬山開會，楊石先和黃鈺生祕書長便組織師生作撤退準備，把大部分圖書和少量貴重儀器裝箱運往英租界。7月29和30兩日，日寇飛機、大炮對南開大學進行野蠻轟炸。他們不顧個人安危，冒着硝煙炮火，指揮師生乘小木船往學校附近的葦塘、稻地裏疏散。轟炸之後，本齋圖書館、秀山堂及部分教職員宿舍均遭兵燹之禍；他家也被日軍洗劫。當他撤離學校時，除身上一套單衣和一架照像機外，其他財物幾乎蕩然無存。
1937年8月28日，北大、清華、南開在南京籌組長沙臨時大學。他與南開經濟研究所方顯庭教授聞訊輾轉南下。到了秦皇島，他們搭上一艘挪威籍運煤船南航廈門，再經陸路到長沙，立即投入臨大籌組工作。後由於南京失守，日寇沿江西上，長沙遭到轟炸，三校繼而遷滇，更名西南聯合大學。1938年2月，三百名聯大師生在黃鈺生先生率領下由湘步行人滇，開始了中外教育史上罕見的長途遷徙。楊石先則與北大經濟學教授秦瓚、清華建築學教授王明之，分別代表三校並理文工三科，先行人滇安排有關建校事宜。他們乘一輛吉普車，另帶兩卡車物資，在西南羣山峻嶺間的簡陋公路上顛簸了十幾天。一次，他們的坐車在懸崖邊曾經一輪懸空，險遭不幸。4月，黃鈺生在一位東北軍師長的協助下，率隊勝利抵達昆明。楊石先等前往拓東路會館迎接步行團。當時間一多已蓄起近尺鬍鬚，曾昭掄渾身長滿了蝨子，黃鈺生聲言欲刻“行年四十，步行三千”的圖章以志。後來，當楊石先回想起這段艱難的經歷，不無感慨地說：“聯大師生懷着救國救民的理想走到一起，在顛沛流離中出色辦學，成績得來不易。國家振興，仍須此種精神。”
西南聯大時期，楊石先被推選爲理學院化學系和師範學院理化系主任，1943年任教務長。當時，因爲張伯苓校長常駐重慶，專心致力於南開中學的建設，所以楊石先和黃鈺生便共同代理南開大學在西南聯大的事務。在學者名流薈萃的西南聯大，他之所以爲人推重，既是由於他的學識，同時也是由於他的思想品格和作風。他辦事公道，以身作則。當時理學院在昆明城北門外，工學院在西南達西會館，兩院間沒有交通工具，許多教授不願去工學院上課，楊石先推甘就苦，親自去上課，大家見系主任帶了頭，誰也不再推諉了。
楊石先器重人才，獎掖後進，對每一個好學的學生都非常愛惜，總是以極大的熱情爲他們指導求知的門徑。
化學家蔣明謙教授談過這樣一段經歷：1941年他考取公費留美生後，曾分別給三位導師寫信，但只得到楊先生的回信，而且是十多頁的長信。信中對如何選擇學校、導師、課程.乃至行裝、旅程、禮節等都給予詳盡的指導。他說，楊先生教我先到規模較小的大學，這裏接觸導師機會多，便於熟悉美國大學的教育習尚，打好深造的基礎。然後必須到一個規模宏大的學校學習，那裏著名教授多，學術水平高，可以開闊眼界。如長期停留在比較小的大學，眼界受到侷限，難於瞭解學術發展趨勢及當代科學發展的主流。
蔣明謙教授談起這段往事總是懷着感激的心情。他說：“楊先生學識淵博，對歐美著名化學家比較熟悉，能對他們的學術水平有恰當的評價。我按照他的指導，先後到馬里蘭大學藥學院和伊利諾大學化學系學習。在伊利諾，我對基團負性發生了興趣，導致我後來提出誘導效應指數。楊先生的指導和幫助，給我鋪平了通向專業的道路，使我能夠在學術思想上有一定的見解。我願將楊先生誨人不倦的精神世代相傳下去。”
楊石先不僅關心學生和青年教師在業務和品德上的成長，也非常關心他們的生活，對那些經濟拮据的青年，經常給予熱誠的幫助。無機化學家申泮文一度就是靠着他的資助才渡過了停學的危機。一個夜晚，申伴文含着眼淚找到楊石先家裏：“楊先生，我家不是淪陷區，沒有我的助學金，可是家裏又沒錢供給我。我念不下去了。”楊石先沉思了一下問：“你每月需要多少錢？”“每月有十元就夠了。”於是楊石先提筆給他開了張便條，告訴他：“每月到南開辦事處從我的月薪裏支取吧！”然而，在當時物價飛漲的艱難歲月裏，他自己不得不靠典賣衣物補貼家用。他對青年教師也是這樣關懷備至。量子化學家唐敖慶就曾受到楊石先的照拂和成全。他在一篇文章裏披露：“1943年，我的愛人從家鄉到昆明與我結婚。當時我們的生活很困難。楊老師知道後，先是介紹我當家庭教師，後來又介紹我到中學兼課。通過這些額外收入，免除了我一家的飢餒。”可見，當時他之所以深孚衆望確係品德高尚，堪作楷模的結果。
1982年，楊石先以望九之年重訪故地。”置身於西南聯大舊址——昆明師範學院(現爲雲南師範大學)校園，使楊石先感到驚異的是，他已無法尋找留在記憶中的昔日生活的痕跡。聯大是抗日戰爭時期的產物，一切都帶有戰時色彩，校舍分散、簡陋、破舊。改在映人眼簾的，卻是高大的圖書館、教學樓和秀麗的校園。當他來到一椽茅舍前，他許久打量着這唯一保留下來的以泥坯爲牆，稻草做頂的聯大教室，風趣地說：“記得當時還有一種鐵皮頂的教室；夏天泥地上長草，雨天鐵皮頂奏樂，講課要大聲喊叫才行。”不論是誰，站在這歷史遺蹟前，總會要問：聯大在這樣條件下，爲何能培養出那麼多優秀人才？楊石先告訴大家：“因爲師生們都關心着祖國的前途命運。
在整個聯大期間，看不到對祖國明天喪失信心的情景。當時條件很差，但惡劣環境磨礪了大家的意志。同學們懷着中興之志刻苦讀書，許多人的論文是在茶館裏完成的。所以開茶館當時在昆明已成盛業。”他舉例說：“就以化學系爲例，我們想盡一切辦法改善實驗條件，有時冒着土匪打劫的危險到雲南內地去買藥。另外儘量多開一些高級的課程。聯大學生畢業後到國外去，基礎理論非常紮實，一旦掌握了先進的實驗手段，便會在科學上獲得成功。聯大的許多教師，不論才學、品德都爲人敬重，不愧是學生效法的榜樣。”在行將告別故地之際，他佇立在西南聯大紀念碑前，無限感慨地說：“聯大經歷過怎樣一個歷史時期啊！科學人才和革命志土的同時涌現，給聯大的歷史帶來了殊榮。這種優良學風和革命傳統，在新的歷史時期依然可以激勵一代新人！”
1945年，抗戰勝利前夕，楊石先赴美考察教育，在印第安納大學做訪問教授兼研究員，從事一種中國植物抗瘧要素的化學性能的研究工作。由於他的出色工作被推選爲美國“化學學會”榮譽會員。1947年，當他準備回國之際，該校化學系主任兼研究院院長挽留他說：“你們國家正在打仗，華北就要成爲戰場。您可以把家眷接來，在這裏從事研究工作。我們非常需要像您這樣有才幹的人。”楊石先毫不遲疑地說：“我們國家更需要人，我要把我的知識奉獻給祖國。”他毅然放棄了優越的研究條件和生活待遇，踏上了歸途。回國後，他始任南開大學教務長，後任代理校長職務。當時，正值蔣介石反動派發動內戰時期。政治日趨黑暗，教育景況慘淡，在津覆校時期的南開大學正處於艱難解蹶之中，這使他痛感到“教育救國”的夙願難以實現了。
1948年冬，天津近郊響起了臨近解放的隆隆炮聲，一些人相繼南去，而楊石先謝絕了幾次的勸行，期待着新生活的開始。
春天回到了祖國大地。1949年回月天津解放。9月，他作爲教育界的代表出席了第一屆全國人民政治協商會議。10月1日他又參加了開國大典。在天安門城樓，周恩來總理把他介紹給毛主席。握着毛主席的手，他的心被一種難以言狀的感情所激盪。處在新中國誕生的偉大時刻，聆聽着毛主席發出的“中國人民從此站起來了”的莊嚴宣告，他心潮澎湃，情不自禁地眼中滾動着熱淚。這個在舊中國生活了大半輩子的知識分子，經歷了從清朝末年到蔣介石反動統治的幾朝弊政，親眼目睹了積弱不振的中國的苦境。在舊社會，他痛感到國家的危亡、民族的恥辱，曾懷着書生的夢幻，三次遠渡重洋，刻苦求學，以尋找救國的出路而不可得。新中國的誕生，將會使他夢寐以求的理想變成現實，他可以用自己的知識報效國家了。
解放後屆石先擔任了南開大學校委會主席，1957年任校長職務。在黨的教育下，特別是在周總理的親切關懷下，他不斷取得思想上的進步。1951年9月，他聽取了周總理在接見京津部分知識分子時所做的長達六小時的報告。他被周總理嚴於解剖自己的純潔黨性和光明磊落的共產黨人胸懷所感動，增強了改造舊思想的自覺性。
1954年9月，應楊石先的請求，周總理在中南海西華廳單獨接見了他。這樣的機會使楊石先得以表示許久以來對周總理的崇高敬意，並更多地聆聽他的教益。交談不拘形式，他們從南開今昔談起，猶如故友重逢。這種親切的氣氛，使楊石先覺得以瑣事相擾的不安心情頓時平靜了下來。他向周總理彙報了工作。當他講到一直爲兼職過多而困擾，請求幫助解決的時候，總理爽朗地笑了，仔細地詢問他都擔任了什麼職務，重點放在哪裏，工作負擔怎麼樣？楊石先—一回答。總理具體地指導他安排各項工作，接着指出：“你是科學院學部委員、化學組組長，應把精力集中在科研工作上。我們國家科研隊伍很小，力量很薄弱，應儘可能地加強這方面工作。”然後總理語氣深沉地問他：“過去你曾有過‘教育救國’、‘科學救國’的想法。你教了幾十年書，搞了多年科研，國內搞不了，多次到國外去搞，救了國沒有？國民黨反動派只是把你們當作裝璜門面的點綴品，根本談不上發揮你們的作用。現在呢？時代不同了，中國共產黨將爲知識分子提供‘用武’的廣闊天地”。聽了總理的話，他感到思想開朗，心情舒暢。後來，他遵照周總理的指點—一去做，在吳大任副校長協助下學校行政工作果然處理得比較妥善，科研工作也能夠順利進行。黨的關懷和期望，激勵他不斷取得政治上、思想上的進步。1960年3月21日，他終於光榮地加入了中國共產黨。
楊石先主持學校工作期間，他自覺接受黨的領導，積極支持黨在教育方面的許多改革，不論做任何工作總是傾注着自己的全部感情。他服從真理，卻不盲從謬誤。他是用科學家的嚴謹態度從事學校領導工作的。解放初期，各大學外語課均以俄語取代英語。他當時就指出，這是一種非常狹隘的做法，將來必定會由於語種的偏狹造成我國科學發展上的極大缺陷。同時，對於一個時期裏，高等教育忽視質量，盲目追求數量的做法，他表示過極大的憂慮。他說：“大學培養的學生，其質量高低決定着學校工作的成敗。沒有質量的數量是虛假的。”他非常讚賞老南開重視教學質量管理，堅持高標準培養目標的好傳統。爲了繼承這個傳統，糾正當時忽視教學質量的傾向，他積極支持制訂了《南開學則》。
楊石先一向堅持認爲高等學校應擔負教學和科研的雙重任務。1958年他就指出：“高等學校是國內具有最雄厚的科學研究後備力量的機關”，“應發揮科學潛力積極開展研究工作。”他經常強調，同時注重教學和科研是南開大學的優良傳統。他說：“南開大學很早就認識到科研的重要性。在解放前儘管它是一個規模不大的私立學校，卻有一個經濟研究所，一個應用化學研究所，開國內大學從事科研之先河。”
同時，他堅信並遵循周總理的正確指示，把自己的主要精力放在科學研究方面。通過長期觀察，他發現國際上農藥研究有從無機農藥、植物性農藥向有機農藥過渡的趨勢，於是他首先在我國倡導並實踐有機農藥化學研究的方向，開始合成一系列新植物激素。1956年，他從磷酸酯類結構的改變會帶來生理作用的變化這個特點出發，又着手研究當時國內尚屬空白的有機磷化學。1956年，他參加了周總理親自主持的我國第一個科學技術發展規劃的制訂工作。爲適應我國農業發展的需要，他受周總理的委託，毅然放棄了從事幾十年的藥物化學研究，接受了農藥研製的光榮任務。
1958年，毛主席到南開大學視察了他和師生辦起的“敵百蟲”、“馬拉硫磷”兩個農藥車間，對他們的工作給予了很好的評價。這一年，他當選爲中國化學會理事長。1962年，在參加我國第二次科學技術發展規劃和全國農業規劃會議後，他又一次受周總理委託，創建了我國高等學校第一個化學研究機構——南開大學元素有機化學研究所。繼有機磷化學研究後，又開展了有機氟、有機硅、有機硼、金屬有機化學等新領域的研究工作，填補了我國化學學科中的一個又一個空白。楊石先以他淵博的有機化學、無機化學、藥物化學和園藝學等方面的學識，帶領着科研人員，經過數以百計的實驗，研製出磷32。、磷47、滅鏽一號和除草劑一號四種農藥，並且獲得了國家科研獎。
解放後的十七年裏，楊石先對黨的教育科學事業嘔心瀝血。在他的領導下，經過全校師生員工的努力，南開大學無論在規模上，在教學和科研水平上，都得到了空前的發展和提高，而成爲我國教育和科學研究體系中的骨幹力量之一。
“文化大革命”猶如一場突如其來的冰雹打在一片綠油油的莊稼上，這場災難幾乎毀滅了南開大學。
“文革”初期，當罪惡的矛頭危及楊石先的時候，周總理立即指示說：“南開大學楊石先等同志是搞科學研究的，要關心、保護他們。”根據總理的指示，校長辦公室問他有什麼東西要保管，他說：“請把我長期積累的幾萬張科研卡片保存好。”在那場浩劫中，儘管搞科研已成爲一種罪名，但他仍以研究工作爲念。動盪、紛擾不安的生活並沒能使他的科學思索停頓。到了1968年冬，形勢愈發險惡，“國民黨殘渣餘孽”、“南大特務集團總頭子”、“資產階級反動學術權威”的誣陷之詞，鋪天蓋地般地向他飛來。後來，他的校長職務也被不明不白地撤掉了。周恩來知道後，氣憤地說：“我瞭解南開大學。南開大學哪來的這麼多叛徒、特務、反革命！”由於周總理的保護，才使楊石先倖免成爲冤案的犧牲品。
楊石先性格內向、含蓄、蘊藉。他平時言語不多，才情不外露，喜怒也不常常溢於言表。他總是盡力使自己的心絃靜止下來，以至不發出一點聲響。當他被趕到集體宿舍堅持“三同”，被送往農村接受“改造”，他無不默默地聽命調遣。就是當他的房前兩道布上了鹿砦，臥室牆壁被鑿穿，武鬥中投擲的燃燒瓶，在他家的門窗前爆炸的時候，他仍能壓抑着滿腔的憤怒，執着地伏案工作。但是，當聞訊農藥中試車間要被砍掉，車間樓板被砸，反應釜遭到破壞的時候，他忍無可忍，拍案而起。他用顫抖着的手寫了一張大字報，指責毀掉中試車間是對人民的犯罪。
在學校、在天津，受“四人幫”極左思潮影響或控制的一些領導人還規定元素所科研人員只准出不準進，還強行收走公章，摘掉元素所的牌子。他們說：“學校不是科學院，要研究所幹什麼？”楊石先針鋒相對地予以嚴詞斥責：“世界上很多研究工作，都是學校搞起來的。你說元素所沒用，外面卻急等着農藥用，你知道不知道？元素所不是我楊石先要辦的，它是根據國家的需要，受周總理的委託辦起來的！”他渾身抖動，把手攥緊緊的，“國家花了那麼多錢，廣大農民急着要農藥，可你們卻千方百計要拆元素所。你們對得起誰？叫我如何向周總理交代！”他殷殷以黨的科學事業爲念，冷對猖狂，蔑視強梁，充分表現了一個老知識分子的高風亮節。這不禁使人想起，1945年楊石先書贈西南聯大法學會題詞中所寫：“青松在東園，衆草沒其姿，凝霜殄異類，卓然見高枝”的詩句。經霜青松更高潔，不正是他不屈服於政治壓力的高尚品格的寫照嗎！
七十年代初，我國水稻產區發生了白葉枯病，每年因此減產約百分之十左右，個別地區減產高達四五成。白葉枯病傳染起來非常可怕，特別是遇上暴雨和大風，一天之內可使成千上萬畝水稻枯黃。爲防止蔓延，常常不得不放火將病稻燒盡。有一個資本主義國家研製成功一種防治水稻白葉枯的農藥，但對我國進行嚴密技術封鎖。爲了攻克白葉枯病，在“四人幫”統治垂死掙扎的形勢廠，楊石先指導他的助手們在遭受創傷的實驗室裏不屈不撓地進行着研究工作。爲了查閱文獻資料，不管風雨寒暑，他是資料室裏僅有的幾個人中來得最早走得最遲的一個。他們經過一年多的奮戰，做了近百個合成物，試驗了十幾條路線，終於研製出了防治水稻白葉枯病的新農藥——葉枯淨。
“四人幫”覆滅，祖國昂然進人廣一個新時期。1977年8月初，鄧小平副主席復職後抓的第一件大事是召集三十位全國著名的科學家、教育家開座談會，研究如何把科研、教育搞上去。楊石先被邀請參加了座談會。他在會上提出了四點建議：一、恢復國家科委，以統一規劃、指導，協調全國科技工作；二、在我國駐美國聯絡處(當時中美尚未正式建交)設一位科學教育祕書，以適應即將開始的兩國科技教育交流的需要；三、通過一定方式選拔優秀科技人才，保證科技隊伍後繼有人；四、採取措施，使中年教師從繁瑣事務中解放出來，充分發揮他們的骨幹作用。鄧小平同志肯定和讚揚了他的建議，並指示有關部門採納實施。
看到幾乎被“四人幫”毀滅的教育、科學事業開始萌動着生機，楊石先感受到精神解放的無比歡悅。“但得夕陽無限好，何須惆悵近黃昏。”年逾八旬的楊石先滿懷信心地開始着手醫治“文化革命”給元素所造成的創傷。
元素所由於進行的是應用課題的研究，雖然受到的破壞不象基礎研究那麼大，但是，骨幹大都被調走，而且十幾年間所裏幾乎沒有獲得新的研究儀器，許多已有的設備被損壞。他經過多方籌劃，在短短的二、三年時間裏，相繼調回了一些科研骨幹，收回了農藥中試車間，爭取聯合國貸款從國外購置了先進儀器設備，建立了毒理室、激素組和劑型組，健全了農藥科研體系，積極指導該所科研工作的恢復和發展；並且還親自譯書，親自培養研究生，人們無不爲他老當益壯的精神所感動。
但是，他所面臨的問題絕不僅是這些，科學本身，即農藥的發展趨勢問題又擺在了他的面前。七十年代末期，出現了一種將農藥與環境保護對立起來的有害觀點，認爲植物的病、蟲、草害將由生物防治取代化學防治，致使在我國農藥產量還不能滿足需要的情況下，造成幾十種農藥停產的現象。基於對世界農藥領域發展趨勢的長期觀察和研究，楊石先對解決農藥污染問題持樂觀態度。
他堅信，化學給人類帶來的困擾，最終也將依靠化學來解決。他在講述“現代的化學農藥”的一個報告中.明確指出：化學防治在任何國家中至今都是重要的植物保護手段，而且仍在發展之中。環境問題的提出使化學防治手段受到衝擊，確是一件大好事，使我們考慮如何戰勝污染，保護環境。包括化學、生物在內的綜合防治纔是植物保護唯一正確的方針。正是由於他不斷地給予科研工作以權威性的指導，才使元素所成功地研製出各種殺蟲劑、殺菌劑和除草劑等十幾種新農藥，爲促進我國農業的發展做出了重大的貢獻。
1979年楊石先重新被任命爲南開大學校長。這一任命可以說是衆望所歸。復職後，他對校黨委爲貫徹黨的十一屆三中全會精神而開展的各項工作都積極擁護，熱情支持，堅決貫徹，從而使得南開大學能夠及時地完成工作重心的轉移，教學科研工作逐步走上正軌。
爲了辦好南開大學，他全神貫注於自己的工作，每天從不午休，連續工作十幾小時。對於一個時年八十三歲的老人來說，這簡直是令人難以置信的。在他任職期間，他反覆思考的是教師隊伍的建設問題。他說，彌補十年浩劫在人才方面的損失，將是一個極爲艱鉅的問題。應由老教師承擔起培養新教師的任務，同時要評選優秀畢業生留校當教師，要派遣師生出國訓練，要從國外引進人才。他非常重視現有教學、科研人員的業務進修，並帶頭培養研究生。同時，他還積極探索和尋求和國外一些著名大學建立學術交流的機會。凡是和他略有接觸的人都會看到，他是怎樣不避繁難地親自處理國外函件，親自接待外國來訪者和即將出國進修的師生。在南開大學恢復開展國際學術交流的最初階段，幾乎所有出國進修和留學的師生都曾得到過他的直接關懷和幫助。許多著名外國專家應邀來校講學也都是由他親自做出安排。可以說，在開創南開大學國際學術交流活動新局面方面，他起了推動作用。
當時，楊石先除擔任南開大學校長一職外，還是五屆全國人大代表、五屆全國政協常委、中國科協副主席、天津市科協主席、中國化學會理事長，其本兼各職多達十六項，工作的繁重是不言而喻的。以常人來說，有了他這樣的成就和高齡，本來可以頤養天年了。但根據黨的事業需要，他不顧年邁多病，總是奮勉自勵，竭盡所能，從不度過一天的悠閒歲月。人們無不爲他這種強烈的事業精神所感動。更爲可貴的是，1980年，他響應黨中央的號召，從黨的長遠利益考慮，爲了使年富力強的同志早日走向領導崗位，又率先提出了辭去校長職務的請求，在全國高教戰線產生了很大的影響。198年，中央接受了他的請求，並任命他爲南開大學名譽校長。
1985年2月19日，德昭學界的一代宗師，我國科壇巨星楊石先與世長辭。南開大學萬名師生懷着眷念和欽敬的心情和他告別。黨和國家領導人鄧穎超、聶榮臻、方毅，全國政協、民進中央。中國科協、中國科學院、教育部、化學工業部、中央統戰部以及著名科學家周培源、華羅庚、金善寶等300多個單位和個人發來唁電，對他的逝世表示沉痛的哀悼，深深地感念他對發展我國的教育和科學事業所做出的貢獻。
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