20世紀70年代末,受伊朗伊斯蘭革命影響,一批巴勒斯坦激進學生在埃及籌建了這個組織,其目標是通過“聖戰”消滅以色列,在巴勒斯坦建立一個伊斯蘭國家;在伊斯蘭運動推動下,重建統一的伊斯蘭世界。由於美國支持以色列,該組織視美國爲敵人,仇視溫和的阿拉伯國家。1981年10月,埃及總統薩達特因爲和以色列媾和而遭到埃及極端分子暗殺,該組織中的部分人員也參與了這次行動。其後,這一組織的成員全部被驅逐到加沙地帶。此後,他們以加沙爲基地,開始了頻繁的針對以色列的襲擊活動,主要活動地點在以色列被佔領土、約旦、黎巴嫩。
長期以來,伊斯蘭聖戰組織一直未同哈馬斯建立聯繫,直到1994年後才與哈馬斯進行協調,共同採取行動。
伊斯蘭聖戰組織得到伊朗、敘利亞的贊助,在貝魯特、大馬士革、德黑蘭、喀土穆設有辦事處。伊拉克戰爭後,敘利亞政府在美國的壓力下,關閉伊斯蘭聖戰組織在大馬士革的辦事處。
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