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據臺媒報道，臺“國防部”正積極修法，準備對數百機要單位和擔任重要職務的將校官員重新進行全面性忠誠查覈，若通過爲期三個月的調查，“國防部”將頒予首創的“安全認證”，而日後擔任軍中重要職務和涉及機敏情資的人員都必須具備這項“安全認證”。
由於這項做法尚未在軍中正式宣佈，有耳聞的將領臆測，可能與陳水扁在選前所提的“政變說”有關，目的是瞭解將校的意識形態。有人擔心，這項機制也可能成爲日後軍中內鬥工具，對此“國防部”高層官員則強烈予以否認。
據指出，軍方在研究這項政策前，曾派員赴美參考美方做法，並評估現行只有在人事派遣前進行三至五天的查覈，制度不夠完善，因此決定採行“安全認證”制度。未來凡是上校以上重要軍職或“中科院”等機要單位人員，在人事任用前，都須先經過三個月的安全調查，軍職人員由“國防部”負責，其親友和文職人員部分的身家調查則由“調查局”負責，一次安全認證有效期三年，日後包括“國防部長”、“軍政副部長”等軍中文職官員也都需通過“調查局”查覈取得“安全認證”。
據瞭解，“安全認證”機制將透過填表自白、深入調查、給予認證的作業模式，建立重要軍職與高機要職務的嚴格任職門檻，但不會進行測謊，自白部分需誠實申報本人或本人在臺灣地區三親等以內血親、繼父母、配偶及其父母，是否曾在大陸或港澳連續停留一年以上等資料。
其它還需自白是否曾與犯內亂罪、外患罪，或外國情治單位、大陸地區代表機構聯繫、接觸，以及是否具有申請外國國籍或居留權資格、是否曾犯泄密罪判刑、是否違反安全保密規定受懲戒處分等共十項。官員強調，調查結果將事後告知當事人，調查資料也絕對保密。
“國防部”高層不諱言，如果坦承有親友與大陸接觸等狀況，軍方確實會列入重點監控對象，但只要誠實申報，期間不出問題，三年內不需再進行查覈，同時，這項認證制度並非強制性，如果有人員不願擔任重要軍職，或放棄升遷，也可以不接受調查或具備“安全認證”。
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