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臺軍方目前已研製成主要生物戰劑的病毒，包括吸入型炭疽熱、肺鼠疫、免熱病肺部病變、蓖麻毒素、剛果克里米亞出血熱病毒、拉薩熱病毒、天花病毒、肉毒桿菌及眼鏡蛇神經毒等
12月初，據《自由時報》《中國時報》等臺灣媒體報道，臺軍方根據去年防治“非典”的經驗，結合所謂“反恐”需要，目前正着手在12月開展一項“反恐生物戰防禦計劃”。
據臺軍方的醫學院預防醫學研究所(預醫所)有關人士透露，非典冠狀病毒具有快速致命及高傳染力，有極高潛力成爲生物武器，因此臺軍現已經將非典病毒列入生物武器研製計劃。
臺軍祕密研製非典武器
據悉，目前臺軍方對非典疫苗的研製工作進展順利，以預醫所爲首的數個科研團隊正在分頭進行動物試驗，預計今年年底和明年年初將產生第一批試驗疫苗。由此可見，臺軍在對非典病毒的人工控制方面已經取得了較大的進展。而去年該所發生的張中校因試驗感染非典病毒的事件，也暴露出臺軍的確在進行非典病毒研製工作。
此外，首位分離出冠狀病毒並發現非典病毒的香港大學微生物學系系主任袁國勇也表示，非典病毒可能是繼天花病毒之後最有潛質的“生化武器”。而臺灣衛生研究院臨牀研究組主任蘇益仁則稱，非典病毒屬於RNA病毒，這種病毒的特性就是很容易與其他病毒基因進行重組，變種成爲毒性更強的新病毒。
臺軍研製非典武器消息一經曝光，立即使各界一片譁然，臺海問題專家表示，這無疑是其在繼表示可能攻擊三峽大壩之後又一反人類的罪惡舉動，同時生物專家也指出，這也暴露出臺軍長期以來研製生化武器的罪惡行徑，其動向值得高度警惕和關注。
設有世界最高等級生物實驗室
長期以來，由於兩岸軍事實力的懸殊對比，臺軍一直謀求利用非常規手段對抗大陸的軍事壓力。早在1949年在美國的幫助下，臺軍就成立了“美國海軍第二醫學研究所”，內設核生化實驗室。20世紀70年代初，臺灣與西德、南非、以色列等國祕密往來，謀求獲取核生化武器技術。到了20世紀80年代末，由於美國的干涉，臺灣的核計劃被迫中止。但另一方面，隨着臺灣科技發展工程的實施，臺灣加速了其生化武器的發展進程。
臺軍生物武器的主要研製部門便是位於臺北縣三峽鎮白雞山區的醫學院預防醫學研究所(預醫所)。該所雖然隸屬於臺灣“國防大學國防醫學院”，但在該院的公開編制單位中卻從未出現。該所設立在山洞中，以兩層阻絕設施與外界隔離，平常周邊戒備森嚴，連門牌都沒有，一直是臺軍最機密的單位之一。去年上半年非典疫情最嚴重時，陳水扁曾巡視預醫所，才稍微揭開其神祕面紗，而直到目前爲止，只有蔣經國、陳水扁及呂秀蓮等3位非軍職官員前往“視察”過。
據熟悉預醫所的一位退職人員透露，該所代號“白雞12”，分爲流行病學、細菌學、免疫學、生化學、產程學以及病毒學6個科研小組，同時擁有P4(最高等級)生物安全實驗室，主要負責微生物生產以及疫苗的培養等生化防護工作。從表面上看，預醫所是學術單位，最高主管是所長，但實際上因其具有特殊任務，背後最高指揮官是臺灣“國防部長”和“參謀總長”。但若涉及生化戰，“國安局”也會介入；針對某些特殊業務，“國安局”也派員進行協調。預醫所可說是臺灣最具規模的細菌、病毒和生物防護醫療研究單位，其1983年向法國購買P4實驗室，是全球17個同級設施中的第8座，目前全亞洲也只有日本有一所(全球正在運行的實驗室只有8所)。據悉，該實驗室儲備了炭疽熱、埃博拉、天花、漢他及非典等病毒，它使臺軍具備了對鼠疫、炭疽熱以及天花等生物武器的製造和偵測能力。
擁有一定數量化學武器儲備
另外，由臺“國防部”批准成立的“國防部”“國防醫學院”生命科學研究所也是一所主要負責開發生物武器和相關疫苗的科研單位。該所設有分子生物、細胞生物、系統生物及社會生物四個學科小組。陳水扁的親信、其臺南一中的同學陳宏一是該所所長。
臺灣的化學武器以自研爲主，也從外採購。主要從事化學武器研究的單位有：中山科學院化學所、中正理工學院化學所和“國防醫學院”生化研究室。據現有資料分析，臺灣現已擁有一定數量的化學武器儲備，並已掌握了二元化學武器技術。
據臺軍人士透露，目前臺軍投放生化武器的任務主要由臺陸軍化學兵承擔。按其機構與職能其可分爲專業機構化學兵和部隊化學兵。專業化學兵機構隸屬於總司令部和防區司令部，主要是一些指導性機構，但也有一些部隊。化學兵部隊屬戰鬥支援部隊，共計兵力3000餘人。
而在其化學武器儲備中，有些毒劑能裝填到炮彈、航彈、地雷、手榴彈等彈藥中，並可使用多種發射武器施放，如各種口徑的榴彈炮、加農炮以及火箭炮。
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