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1911年10月10日，孫中山領導的同盟會在武昌發動武裝起義，辛亥革命爆發。1912年1月1日，孫中山在南京原兩江總督署就任臨時大總統，宣告中華民國成立。
孫中山力圖在中國推行資產階級民主共和國制度，在立法建制方面做了大量工作。4月1日，孫中山交出總統大印，3日告別南京。5日，袁世凱操縱臨時參議院“議決”遷都北京。南京作爲民國開基的國都，只短短93天。這93天，標誌着走資產階級民主共和之路的嘗試終於失敗了。
袁世凱遷都北京之後，作爲江南富庶之區政治中心的江寧(當時已廢南京府，重置爲江寧縣)爲各派系軍閥紛爭之地。1913年9月，張勳“辮子軍”佔據江寧城，令全城重新掛出清王朝的龍旗，爲日後“張勳復辟”吹響了前奏曲。而後南京幾度易手，以直係軍閥盤踞最久。這一時期，秩序混亂，發展停滯，城市處在低落時期。
1927年4月18日，蔣介石就在南京成立國民政府，宣佈“奠都南京”。南京被劃爲特別市，先直屬國民政府，後來直屬行政院。“一·二八”淞滬之戰和八年抗戰中，曾兩次遷都，前一次遷洛陽爲“行都”，第二次遷重慶爲“陪都”，南京作爲民國法定首都的地位不改。
1929年，國民政府聘用美國建築師墨菲、古力治制訂了國內第一個用現代科學技術制訂的城市規劃——《首都計劃》，並且按計劃開始了對南京城的建設和改造。所修建的主幹道網，半個多世紀裏構成城區的交通骨架；沿幹道建起的一批公共建築，都出自國內外著名建築師之手，形成了中西合璧的一代建築風格，佈局舒展，氣度恢宏；城中偏西部權貴聚居的“新住宅區”，建起了1700多處花園洋房，流派、風格各異，有“建築博物館”之稱。南京城市面貌有了顯著變化。
1931年，“九一八”事變爆發，11月上海淪陷。日本集中上海派遣軍和第十軍兵力，編成華中派遣軍，分三路直逼南京。12月7日，日軍先頭部隊到達紫金山一線，中國軍隊奮勇抗擊。13日凌晨，日軍從中華門、光華門、中山門三路攻進城內，進行了連續6個星期的血腥大屠殺。旅居南京的外僑設立了國際安全區，收容了20萬中國難民，並組成一個以德僑拉貝爲首的“南京安全區國際委員會”，力求能保護難民。但無論他們怎麼冒着危險與日軍抗爭，“安全區”也無法阻擋日軍這個“獸類的集團”吞噬生命。南京大屠殺，有30萬以上中國人民被殺害，全城三分之一以上的房屋遭焚燬，數量超過13萬間。
八年抗戰，中國人民終於贏得了百年近代史上反侵略戰爭第一次的最終勝利。1945年8月15日，日本承認戰敗，宣佈無條件投降。
1949年4月，中國人民解放軍“百萬雄師過大江”。在南京總統府的總統辦公室裏，日曆就定格在了1949年4月22日這一天。
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