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2006年是國家“十一五”規劃的開局年，教育部72所直屬高校自覺地以國家目標爲追求，以全面提升教育教學質量爲根本，以增強學科創新能力和社會服務能力爲主線，在追求質量中穩定辦學規模，在加快調整中逐步優化學科結構，取得了顯著成果：
1.完成了“十五”期間“211工程”建設整體驗收和“985工程”一期建設的總結，學科建設、隊伍建設、研究水平、辦學條件、成果應用、國際合作等都取得可喜成績。
2.組織完成了對部分直屬高校的巡視試點工作。爲了進一步加強直屬高校領導班子思想政治建設，促進直屬高校的改革、發展和穩定，根據中紀委、中組部關於對直屬高校開展巡視工作的意見，2006年教育部黨組通過精心設計，周密組織，選擇若干所高校開展了巡視試點工作。巡視試點工作起到了“定期檢查、查找隱患、防範風險、健康發展”的作用，成爲部黨組在新時期指導高校工作的有效抓手。
3.以“大學創新與服務”爲主題，成功舉辦了第三屆中外大學校長論壇。100多位中外大學校長圍繞21世紀創新型人才培養的模式與經驗，以及大學科技創新、理論創新如何服務於經濟建設和社會發展等問題展開了深入的交流探討，使高校領導對如何培養創新人才，如何使大學成爲國家知識創新的主力軍、技術創新的重要方面軍、科技成果轉化的生力軍有了更深的理解和認識。
4.成功組織實施了五批2006年高校領導赴海外培訓項目。125位高校領導通過主題明確、方式靈活的海外培訓，對發達國家高等教育發展狀況和基本經驗有了全面的瞭解，同時對如何將世界著名大學發展的先進經驗應用於中國高等教育的實踐等問題進行了比較深刻的思考，進一步提升和擴大了中國高等教育的國際地位和國際影響。
5.教育部、科技部聯合召開了高校服務地方發展工作會議，總結交流了一批高水平大學服務地方發展工作的思路、經驗和做法，認識上統一到“頂天”、“立地”，即不但爲解決國民經濟、社會發展全局性、關鍵性的問題作出自己的貢獻，還要沉下心來，彎下腰去，緊密結合地方現代化建設的實際需要，充分利用在人才培養、學術研究、科技創新及成果轉化等方面的優勢，爲區域經濟社會發展及決策、創新體系建設、產業結構的調整、支柱企業的發展等方面提供強有力的智力、技術和人才支撐。
6.按照部黨組“以服務求支持，以貢獻求發展”的工作思路，以加強“共建”爲平臺，爭取國家資源、整合校內資源、吸收社會資源，推進了共建模式的創新：不僅有“985”共建，還延伸到“211”共建；內容上不僅有全方位合作共建，還出現了專項研發平臺的共建。“共建”已經成爲教育部加強與地方政府及行業部門聯繫，體現高校服務功能與責任，進一步推動高校各項事業協調發展的重要舉措。
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