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微震集中在巫山-秭歸-長陽一帶，目前處於正常狀態。國家已安排40億元治理三峽庫區地質災害，目前正在追加資金。
國家計劃到2010年投資392.2億元治理庫區水源污染，湖北有8個縣在規劃區域內。
報告顯示，三峽蓄水後，庫灣及支流回水區多次出現水華現象(藻類過度繁殖)，庫區的微震活動頻度明顯增加，但不會對三峽工程造成威脅。
據不完全統計，三峽在135米蓄水過程中和蓄水後局部時段，香溪河等12條支流出現不同程度的水華現象。
監測表明，2004年庫區支流累計發生水華6起，2005年累計發生水華19起，2006年僅2-3月，就累計發生水華10餘次，支流庫灣水華呈現加重、擴大的趨勢。其原因是，三峽蓄水後，回水區水流減緩，嚴重的只有1.2釐米/秒，幾乎不再流動，引起擴散能力減弱，使庫周圍近岸水域及庫灣水體納污能力下降。
此外，報告指出，2003年三峽水庫蓄水以來，三峽地區微震活動頻度明顯增加，主要集中在巫山-秭歸-長陽一帶，強度仍然維持在較低水平，未突破正常狀態，不會對三峽水利樞紐和三峽地區的人民生命財產構成威脅，但岸邊鬆散堆積物塌岸和局部滑移也會危及部分居民點的安全。
目前，三峽庫區共有各類崩塌、滑坡體4719處，其中627處受水庫蓄水影響，863處在移民遷建區。
自1997年以來，國家先後投資5700萬元，建立了三峽工程誘發地震監測系統，其中包括24臺數字地震臺、8套流動地震儀、3個GPS基準站、8口觀測井和1個監測總站等。
報告還顯示，2002年，國家還專門安排40億元，用於三峽庫區二期(蓄水位)地質災害治理，目前正在追加資金。
對於庫區水源污染問題，國家計劃到2010年將投資392.2億元，用於三峽庫區的污染防治，規劃涉及區域79灣平方公里，總人口1.54億，湖北有8個縣在規劃區域內。
據悉，在392.2億元中，城鎮污水處理廠項目將投資216.5億元，城鎮生活垃圾處理場投資77.5億元，工業污染源治理投資24.8億元，生態保護工程投資44.7億元，基礎建設投資7億元，船舶污染治理投資14.7億元。
按規劃，如果治污進行順利，到2010年，三峽庫區及其上游主要控制水面的水質將達到2類水質標準。
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