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邁克爾再度入獄，入獄的第一天就目睹了索納監獄的野蠻——兩個人在圈中決鬥，其中一人被勒死，畫面中出現了第三季中重要的道具——雞爪。一向冷靜的邁克爾開始有些慌亂。在監獄中遇到了探員馬洪，然而邁克爾對他一直保持冷漠。在外一向飛揚跋扈的巴里克，在索納監獄裏吃盡了苦頭，不但沒飯吃，還被人耍弄，打的遍體鱗傷，最後還被派去收拾臭氣熏天的廁所。
監獄外，林肯一刻也沒閒着，爲了救自己的弟弟邁克爾四處奔波，最後靠美國大使館的幫助準備爲邁克爾轉獄，而林肯自己也已經獲得了自由。林肯跑到監獄，見了邁克爾，並保證一定要救他出去，而邁克爾卻一直心繫莎拉的安危，讓林肯盡一切努力尋找到她。同時，林肯在監獄外見到一位神祕的女子，通過之前的介紹，她就是索菲亞，她一直在監獄外大聲喊着，似乎在等待着什麼……
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