誕生於戰亂時期的木齋圖書館命運多舛，歷經兵燹劫難，館中書籍或燒毀或飄零。木齋圖書館有兩座，一為天津南開大學木齋圖書館，一為北平私立木齋圖書館，分別於1927年、1934年由盧靖創建。

盧靖(1856—1948)，字勉之，改字木齋，室名“慎始基齋”，湖北沔陽人，清末民初藏書家、實業家、教育家，曾長期寓居天津。其父祖輩以讀書、教書傳世，家境清貧。他自幼好學，長於算學，常因貧窮買不起書而向親友借書來抄寫研讀，有時發現書肆中有好書，就向別人借錢購回。由此，他深感買書難、讀書難，發願將來得志興學辦館，讓買不起書的人能夠借閱。1885年，他“以朴學異纔膺特薦，列鄉舉，始獲與當世賢士大夫相同旋”，次年得到李鴻章賞識，任天津武備學堂算學總教習。後任保定大學堂督學、直隸提學使、奉天提學使、東北三省提學使等職。他還曾自費刻印《慎始基齋叢書》，為學子提供基本讀物，指導治學門徑。

辛亥革命後，盧靖毅然辭官，專事興學辦館。1927年，捐資十萬元興建天津南開大學圖書館。1928年10月17日，在南開大學九周年校慶之際，舉行圖書館落成儀式，命名為“木齋圖書館”。此館位於南開園馬蹄湖北面。除捐款外，盧靖還將數十年來節衣縮食所購藏的十餘萬卷圖書捐出。為表彰他為南開大學所做巨大貢獻，1929年南開大學特立碑建亭以示紀念。碑文《木齋圖書館記》由湖北羅田王葆心撰寫。1934年春，柳亞子來到南開大學，參觀木齋圖書館後賦詩贊曰：“百城南面足論功，堂構巍峨締造雄。十萬萬金書萬軸，教人長憶木齋翁。”不幸的是，1937年7月29日，木齋圖書館遭到日軍猛烈轟炸和縱火焚燒，與校園其他主要建築一同化為灰燼，所藏書籍也損毀殆盡。

繼南開大學木齋圖書館之後，盧靖還以私人力量，在北平建立第二座木齋圖書館。1934年11月，他選定北平西單舊刑部街20號(今民族文化宮所在地)作為館址。經過兩年籌備，1936年10月18日，舉行盛大開館典禮，其藏書主要來自盧靖多年個人收藏，以及他的弟弟、歷史學家盧弼(字慎之)的藏書。北平私立木齋圖書館成立後，還與國立北平圖書館合作，開辦圖書巡回閱覽業務，並編印《北平私立木齋圖書館季刊》。

然而，該館開辦不到九個月，1937年7月7日，日本發動全面侵華戰爭，為避免破壞木齋圖書館被迫閉館。抗戰期間，圖書館的二十多萬冊藏書經歷巨大劫難，遭受的破壞令人痛心。抗戰勝利後，盧先生年近九旬，精力不濟，無力恢復開館。據歷史學家蔡美彪回憶，1946年他去看望盧靖先生時，先生已臥床不起，由專人護理。

1948年8月，盧靖在北京逝世。稍令人欣慰的是，他辛苦收藏的書籍最終有十分之一留存於清華大學圖書館。

1951年秋，南開大學木齋圖書館在原址修復。1958年新開湖畔的圖書館建成，木齋圖書館改作學校辦公樓。