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根據日前國家對行政機關、事業單位工資發放方式改爲由財政部門（或機關事務管理、人事等部門）統一集中發放的實際情況，爲避免扣繳稅款的職責不清而導致稅款流失，國家稅務總局對行政機關、事業單位工資發放方式改革後扣繳個人所得稅問題做出新規定。
規定指出：行政機關、事業單位改革工資發放方式後，隨着支付工資所得單位的變化，其扣繳義務人也有所變化。凡是有向個人支付工薪所得行爲的財政部門（或機關事務管理、人事等部門）、行政機關、事業單位均爲個人所得稅的扣繳義務人。
規定明確了財政部門（或機關事務管理、人事等部門）向行政機關、事業單位工作人員發放工資時應依法代扣代繳個人所得稅。行政機關、事業單位再向個人支付與任職、受僱有關的其他所得時，應將個人的這部分所得與財政部門（或機關事務管理、人事等部門）發放的工資合併計算應納稅所得額和應納稅額，並就應納稅額與財政部門（或機關事務管理、人事等部門）已扣繳稅款的差額部分代扣代繳個人所得稅。
國家稅務總局要求各級稅務機關結合行政機關、事業單位工資發放方式的改革，全面辦理扣繳登記，準確掌握本地行政機關、事業單位和財政部門（或機關事務管理、人事等部門）的戶數。同時，對所有行政機關、事業單位、財政部門（或機關事務管理、人事等部門）扣繳個人所得稅情況認真進行管理和檢查，並針對存在問題，研究制定進一步加強行政機關、事業單位工薪所得扣繳個人所得稅的徵管措施。
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