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針對傳染病的控制，各有關部門要通力合作。傳染病防治法明確規定：鐵路、交通、民航部門必須優先運送衛生行政部門批准的處理疫情的人員、防治藥品、生物製品和器械。傳染病防治法實施辦法也規定，交付運輸的處理疫情的物品應當有明顯標誌，鐵路、交通、民航部門應當保證用最快通往目的地的交通工具運出。
傳染病防治法實施辦法規定，在傳染病暴發、流行區域，當地政府應當根據傳染病疫情控制的需要，組織衛生、醫藥、公安、工商、交通、水利、城建、農業、商業、民政、郵電、廣播電視等部門採取預防、控制措施，其中包括：供應用於預防和控制疫情所必須的藥品、生物製品、消毒藥品、器械等；保證居民生活必需品的供應。
對於違法的單位和個人，傳染病防治法明確了法律責任：拒絕執行衛生防疫機構依照本法提出的預防、控制措施的，由縣級以上政府衛生行政部門責令限期改正，可以處以罰款；有造成傳染病流行危險的，由衛生行政部門報請同級政府採取強制措施。引起甲類傳染病傳播或者有傳播嚴重危險的，比照刑法規定追究刑事責任。
傳染病防治法實施辦法中也規定了罰則。傳染病暴發、流行時，妨礙或者拒絕執行政府採取緊急措施的，對控制傳染病暴發、流行負有責任的部門拒絕執行政府有關控制疫情決定的單位和個人，縣級以上政府衛生行政部門報請同級政府批准，對單位予以通報批評，對主管人員和直接責任人員由所在單位或者上級機關給予行政處分。
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