2000年9月4日雅加達一處證券交易所發生爆炸,導致10人當場死亡,46人受傷。
2000年12月24日至少9枚炸彈在印尼國內多處基督教堂發生爆炸,致使19名正在歡度平安夜的印尼人死亡,數十人受傷。
2001年7月22日雅加達市內多處基督教堂發生連環爆炸,導致64人受傷。
2001年8月1日一枚炸彈在雅加達市中心繁忙的商業區發生爆炸,導致5人受傷。
2002年6月6日印尼中蘇拉威西省一輛公共汽車發生恐怖爆炸,導致4人死亡,17人受傷。
2002年7月27日印尼東部馬魯古省省會安汶發生爆炸事件,造成54人受傷。
2002年9月5日安汶一處體育館發生恐怖爆炸,造成4人死亡,十多人受傷。死者中包括3名十多歲的女運動員。
2002年10月12日印尼著名旅遊勝地巴厘島發生連鎖爆炸事件,導致202名遊客死亡,其中大多數爲外國遊客。警方事後將恐怖事件製造者鎖定爲一個名爲“伊斯蘭祈禱團”的組織。
2002年12月5日印尼東部城市望加錫的麥當勞快餐店發生恐怖爆炸事件,造成3人死亡,11人受傷。警方事後逮捕了20多名嫌疑人,認爲他們與巴厘島爆炸案有牽連。
2003年4月27日雅加達國際機場發生爆炸事件,11人受傷。
2003年8月5日雅加達萬豪大酒店發生恐怖爆炸事件,導致13人死亡,150人受傷。
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