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臺政壇中的朝野各黨連日密集協商所謂“公投法草案”，目前僅對少數“公投”程序性規定及罰則等條文達成共識，對於最具爭議的“公投”適用範圍、排除事項、主管及審議機關、提案及連署人數及投票日期是否與“大選”合併舉辦等爭議問題全數遭到保留。
臺灣的東森新聞網今日對各版本的“公投法”中對“公投”事項比較進行了比較(其中國民黨版仍在修改中)，轉摘如下：
一、適用範圍
“行政院”版：
1.法律立法原則之創制或法律之複決。2.重大政策議題。3.“修憲”及“制憲”議題。4.“國家”遭受外力威脅，致“主權”有改變之虞，“總統”得經“行政院會”決議，交付“公投”。
國民黨版：
1.法律之複決。2.“立法”原則之創制。3.國家重大政策之創制或複決。(複決應於法律生效、政策發佈後半年內提出)4.“憲法”修正原則之創制(“憲法”修正之創制人民連署後經認定即送立院審議，不經“公民投票”)
“臺聯黨”版：僅明定排除事項，即除排除事項外均可
二、排除適用事項
“行政院”版：預算、租稅、人事、薪俸
國民黨版：1.“憲法”制定、“國號”及“領土”之變更。2.“外交”、軍事、“國安”、宣戰、媾和、預算、租稅、人事、社福、特定族羣事項。
“臺聯黨”版：預算、租稅、人事、薪俸
三、提案程序
“行政院”版：
1.公民千分之五提案，經聽證後發給連署書，百分之二或五(“修憲”議題)連署。2.除“修憲”議題外，得由“行政院”提出，經“立法院”同意。3.防禦性“公投”：“總統”提出經“行政院會”決議。
國民黨版：
1.公民百分之一提案，經審議後，百分之五連署。2.排除“政府機關”提案權。(“政府機關”不得藉用任何形式對各項議題辦理或委託辦理公投，不得動用任何經費及調用各級政府職員。)(禁止諮詢性“公投”)
“臺聯黨”版：1.公民連署2.“立委”2/3出席及出席之2/3決議。3.“總統”提案經“行政院會”決議
四、“公投”審議機關
“行政院”版：由現有中選會舉辦聽證(“行政院長”提請“總統”派充，具一黨籍者不得超過委員總額五分之二)
國民黨版：另成立“行政院公民投票審議委員會”，委員21人，除中選會“主委”爲召委外，依立院各黨團席次比例推薦，提請“總統”認命。
“臺聯黨”版：無審議機關，主管機關爲中選會
五、投票日程
“行政院”版：公告後28日起至六個月內投票，得與全臺性“選舉”同日舉行。
國民黨版：
1.公告三個月後起，與該年“立委選舉”同日舉辦，但該年內無“立委選舉”時，得單獨舉辦。2.不得與“總統選舉”同日辦理。
“臺聯黨”版：公告後三個月至六個月期間投票，遇有全臺性“選舉”，應合併同日舉行。
六、投票結果“行政院”版：
1.法律創制：“行政院”應於三個月內送“立院”審議，“立院”應於下一會期休會前完成審議。2.法律複決：第三日起失效。3.重大政策：權責機關爲應必要處置。4.“修憲”：“立院”應於半年內擬定修正案，提請“國大”複決。
國民黨版：
1.法律創制：“行政院”應於三個月內送“立院”審議，“立院”應於下一會期休會前完成審議。2.法律複決：第三日起失效。3.重大政策複決：權責機關於一年內完成變更執行。
“臺聯黨”版：“政府機關”應於該年度內，完成相關法律之制定修正及預算之變更執行。
新聞資料：各版本“公投法”簡介如下：
民進黨“立委”蔡同榮版：內容共有16條﹐主要內容爲：“公投”適用事項包括“國旗﹑國歌﹑國號﹑領土變更﹑國家主權”等“國家”定位問題及其它“全臺性”重大政治議題。蔡同榮強調“公投法”不應設限，不管是“制憲”、“修憲”、“統獨”等，都應納入“公投”。
民進黨版：民進黨在2003年9月8日晚間整合出蔡同榮“加強版”的“公投法”草案。其中，“修憲議題”可適用“公投法”，包括所謂“國會改革、國旗、國號、領土變更”等，整合版本據稱還納入“防禦性公投”概念。民進黨將蔡同榮版“統獨公投”條文刪除，改列於說明欄，並保留黨團版“防禦性公投”原則。
所謂“防禦性公投”規定：“當‘國家’遭受外力威脅，導致‘主權’有改變之虞，‘總統’得經‘行政院會’決議，發動‘公投’”。民進黨團幹部在說明整合版本條文時，多次強調這個版本是“由蔡同榮領銜提案”，給足“蔡公投”面子。
民進黨內部一度對“公投法”版本有疑義，並曾上演一出“內訌戲”(在此之前，蔡同榮所屬多位“獨派立委”，力挺蔡同榮版本，爭取在黨團會議中尋求過半數支持；但屬於陳水扁“正義聯機”的“立委”林重謨上午卻跑到蔡同榮一邊的開會現場支持蔡同榮版“公投法”)。當日下午開會後，民進黨內部總算再度統一口徑，重新提出“蔡同榮加強版”“公投法”草案。
據瞭解，“公投法”爭議點之一在於“統獨公投”的發動權，民進黨版本中，民進黨團深怕會“失控”，因此只有陳水扁有“統獨公投”發動權；蔡同榮版本主張由民衆發動；國親黨團則是根本不支持“統獨公投”。
“行政院”版：2003年9月30日，臺“行政院”稱，將和民進黨團聯手推動“公投法”草案取代先前“政院”提出的“創制複決法”草案，因此包括“領土變更”、“更改國號”等議題，都可以列入“公投”。“政院”推動的“公投”版本將包括下列三項：一、“法律立法原則之創制或法律之複決”。二、重大政策或其它重大政治議題。三、“修憲”議題。
相較於“蔡同榮版”直接明文規定，所謂“國旗”、“國歌”、“領土變更”、“國家主權”等“國家定位”議題。“政院”推動的版本雖未載明但卻強調稱，“民衆得提出憲法修正意見作爲修憲機關修憲之依據，舉凡憲法之規定，均得作爲‘公民投票’之議題，如‘國會改革’、‘國旗’、‘國號’、‘領土變更’等”。
國親版：國親黨版的“公投法草案”10月23日出爐，據瞭解，該草案排除臺當局發動“公投”，並且不允許“統獨”、“憲政層次”等搞“公投”，並明定“公投”與明年“大選”脫鉤。
國親兩黨版的“公投法草案”規定，發動“公投”的主體爲民衆，排除臺當局提案權；全臺性“公投”提案、連署門檻需達最近一次“大選”人口1%、5%；地方性”公投“提案、連署門檻則爲縣市長選戰人口2%、10%。據瞭解，有關“國號”、“國旗”、“領土變更”及其它“憲法”的制定，被排除在“公投”範圍外。
但在11月16日，國民黨中央最後定調，“憲法條文中‘固有疆域’可彈性解釋，國親不必主動觸及領土範圍問題”。但泛藍軍對“公投”議題持開放態度，不再堅持反對涉及“國旗、國號、領土變更”的“公投”。
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