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牛海綿狀腦病的病程一般爲14天至6個月，其臨診症狀包括神經性的和一般性的變化，神經症狀可分爲三個類型。
1.最常見的是精神狀態的改變，如恐懼、暴怒和神經質。
2.3%的病例出現姿勢和運動異常，通常爲後肢共濟失調、顫抖和倒下。
3.90%的病例有感覺異常，表現多樣，但最明顯的是觸覺和聽覺減退。
大部分患牛(87%)出現的臨診症狀可分爲以上三種。這與中樞神經系統的瀰漫性病變相一致。
而常見的的一般症狀是體質下降(78%)、體重減輕(73%)和產奶量減少，大部分病牛保持良好的食慾。
在臨診期的某些階段，大約79%的病牛出現一種臨診症狀和一種神經症狀。經病理學確診爲牛海綿狀腦病的動物，沒有隻表現一般臨診症狀而無神經症狀的。
癢病和牛海綿狀腦病在臨診上有許多相似的地方，最大的區別是牛海綿狀腦病很少出現搔癢症狀。
將病牛置於安靜和其所熟悉的環境中，有些症狀可得到減輕，尤其是感覺衰退這種症狀。
出現臨診症狀幾星期後，病牛因症狀加劇而不活動並出現死亡。由於病牛的反覆摔倒而出現損傷和不可想象的行爲。大多數病牛在發病的早期就應考慮淘汰，從病牛最早出現臨診症狀到死亡或被殺掉，少則兩週，多則一年，平均爲一至兩個月。
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