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發射神六的仍將是長二F火箭。
從“神舟”五號太空飛行的23小時，到“神舟”六號的至少5天，並不僅僅是時間上的簡單延長，無論對飛船製造和控制技術，還是對在太空中工作和生活的航天員來說，都意味着更大的挑戰，更高的要求。從世界其他航天大國的經歷來看，航天員長期太空飛行中，需要關注和解決的問題很多，下面3個問題必須引起重視。
難題一：缺水
解決方案航天員汗水也得回收
載人航天活動中，由於遠離水源，水更顯得彌足珍貴。如果是短期的載人航天飛行任務，保證飲用水、部分衛生用水、溫控用水的儲存和供給以及冷凝水的收集和儲存就夠了。但如果是長期載人航天飛行任務，用水量就會大大增加，每人每天約需水量30公斤，僅靠儲存用水和收集的冷凝水，顯然是遠遠不夠的。
爲解決長期載人航天活動中大量的用水問題，只能考慮水的再循環，即廢水的再利用。航天活動中乘員呼出的潮氣、汗水，尿液、糞便中的含水，乘員洗臉、洗澡、洗衣及個人衛生廢水，食品配製與用餐中生成的廢水以及生物實驗、植物栽培等產生的廢水，都可以進入水的再循環系統，經過專業的處理之後，再作爲飲用水、生活用水、工作用水等投入使用。
廢水回收中，水的淨化和儲存過程必須保持無菌，航天器上一般採用氯和碘來進行滅菌，早期的“阿波羅”號飛船指令艙和登月艙飛行中都使用過，共同的缺點是有明顯的味道。
難題二：疾病
解決方案航天醫師地面監控指導
太空環境極其惡劣，各種環境因素都可能對長期在太空工作和生活的航天員健康帶來危害。因此，航天專家們要對航天員進行醫學監督與醫學保障。
醫學監督主要用來監護航天員在航天全過程中的健康狀況，監督涉及航天員健康和安全設備的運行情況等。飛行中的醫學監督主要靠遙測、航天員的自測與互測和通訊系統傳送醫學信息和數據。航天醫師通過地面站的醫監臺，監視從太空發回的各種數據，並通過電視與航天員直接對話，對其身體狀況作出綜合性的判斷和預測，同時航天員還得定期向地面彙報身體狀況。
醫學保障主要是針對可能出現的對航天員身體健康有害的不良因素，採取各種預防和治療措施。航天員在太空停留越長，發病率也越高，必須定時監測，對可能發生的疾病提出防治方案，合理安排飲食起居和工作。航天員還得堅持體育鍛煉，來預防和治療航天疾病。
難題三：交流
解決方案人際關係得當處理
如果載人航天器搭載的是兩個或多個航天員，對航天員來說，他們還面臨着另一種無形的考驗———人際關係。
乘員組人員與地面人員人際關係的處理是一個重要因素。在狹小的環境裏，跟地面的聯繫是乘員們唯一與外界的交流，處理不當，很容易引起他們情緒沮喪、低落，甚至產生敵意。如果系統允許地面指控人員隨時介入乘員組的生活空間，就會引起乘員組人員對管理者產生不滿和敵視態度。
此外，航天員還要和地面上的家人、朋友進行情感溝通和交流。目前，即使是航天專家對這種溝通的利弊也有着不同的看法。有人認爲，這種溝通是必要的，通過與家人和朋友交談，可以減少航天員對家庭的思念和人際關係需要上對其他成員的依賴；而另外一些學者則認爲，這種溝通對航天活動是有害的，一些性急的航天員可能一直惦記與家人的關係而忽視自己的職責，或者由於對聽到的信息不太滿意，從而影響到正常的工作。因此必須處理好與航天員相關的人際關係，保障航天工作正常進行。
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