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針對企業稅收徵管專項審計發現的問題，國家稅務總局高度重視，組織各有關稅務機關迅速行動，及時、負責地開展整改工作，取得了明顯成效。
審計署對17個省(區、市)788戶企業2002和2003年度納稅情況抽查結果公佈後，國家稅務總局立即召開會議，研究整改措施，連續下發文件，通報審計發現的問題，要求各級稅務機關統一思想，提高認識，認真落實，及時、負責地進行整改。國家稅務總局對審計報告指出的具體問題，限時整改，逐一覈實，做到個個有迴音，事事有着落。目前，除個別問題還在進一步覈實、整改外，審計報告中提出的四個方面問題，基本上都得到了糾正。一是關於人爲調節稅收進度問題。稅務機關覈實緩繳稅款等147.72億元，已糾正併入庫147.64億元。二是關於企業會計覈算和申報不實，導致稅收流失問題。稅務機關經進一步稽查，覈實22.24億元，已糾正並查補稅款19.91億元。三是關於地方政府幹預國家稅收政策執行問題。稅務機關覈實11.94億元，已糾正9.91億元。四是關於徵管不力造成稅收流失問題。稅務機關進一步調查覈實87.64億元，已糾正79.13億元。截至10月底，有關稅務機關已糾正問題稅款共計256.59億元，糾正率爲95.2%。有關違紀單位和人員已受到了嚴肅處理。
國家稅務總局表示，專項審計對發現稅收徵管中的問題，推進依法治稅，強化稅收徵管都具有積極的作用，有利於稅收事業持續健康發展。各級稅務機關要通過審計整改，認真汲取教訓，舉一反三，進一步推進依法治稅，不斷提高稅收徵管的質量和效率；要嚴肅法紀，切實加強減免緩退稅管理，不得隨意解釋稅法，不得違規越權審批；要加大力度，嚴厲打擊涉稅違法犯罪行爲，整頓和規範稅收秩序；要強化監督，穩步推進稅收執法責任制，嚴格實行稅收執法過錯責任追究辦法，對稅務人員的執法行爲進行及時、有效的監督。
有關地區和部門要從大局出發，依法辦事，嚴格執行國家稅收法律法規和各項稅收政策，切實維護國家稅法的統一性、權威性和嚴肅性，進一步支持、協助稅務機關做好稅收徵管工作。
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