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“海峽交流基金會”(“海基會”)於1990年11月21日成立，1991年3月9日舉行開幕式，正式掛牌運行。該會分設由43人組成的董事會和由6人組成的監事會；“總統府資政”孫運璇爲名譽董事長；國民黨中常委、臺灣工商協進會會長辜振甫任董事長；國民黨中常委、臺灣工業總會理事長許勝發和臺灣紅十字會祕書長，“國防部”法律顧問陳長文爲副董事長兼祕書長，該會內設祕書處，文化服務處、經貿服務處、旅行服務處及綜合服務處等6個業務單位，主要功能是接受“陸委會”委託，辦理兩岸交流所衍生的各項事務。
“海基會”組織章程
第一章 總則
第一條 本財團法人定名爲“財團法人海峽交流基金會”(以下簡稱本會)。
第二條 本會以協調處理臺灣地區與大陸地區人民往來有關事務，並謀保障兩地區人民權益爲宗旨，不以營利爲目的。但提供服務時，得酌情收服務費用。
第三條 本會爲達成前條所定之宗旨，辦理及接受政府委託辦理下列業務：
一、臺灣地區與大陸地區人民入出境案件之收件、核轉及有關證件之簽發補發等事宜。
二、大陸地區文書之驗證、身分關係之證明、協助訴訟文書之送達及兩地人犯之遣返等事宜。
三、大陸地區經貿信息之蒐集、發佈；間接貿易、投資及其爭議之協調處理等事宜。
四、兩地區人民有關文化交流之事宜。
五、協助保障臺灣地區人民在大陸地區停留期間之合法權益。
六、兩地區人民往來有關諮詢服務事宜。
七、政府委託辦理之其它事項。
第四條 本會之主事務所設於臺北市，並得視業務需要，在海外及大陸地區設置分事務所。
第五條 本會基金來源，由捐助人五十三人共捐肋新臺幣陸億柒仟萬元成立之。本會經費之來源如下：
一、基金運用之孳息。
二、委託收益。
三、政府或民間捐贈。
四、依本章程第二條所收取之費用。
第二章 組織
第六條 本會設董事會，爲本會之決策機構，掌理基金之籌募、保管及運用，祕書長之任免，工作方針之核定，業務計劃及預算之審議等事宜。
第七條 本會董事會置董事四十三人。第一屆董事由捐肋人選聘之。
本會董事長一人，綜理會務，對外代表本會。副董事長一至三人，襄助董事長處理會務。均由董事互選之。
本會名譽董事長一人，由董事會敦聘德高望重之人士擔任。名譽董事長、董事長、副董事長及董事，均爲無給職，但得酌支交通費。
第八條 董事任期三年，連選得連任。
董事長、副董事長、董事在任期內，遇有辭職或其它原因出缺時，得由本屆董事會補選之。其任期以補足原任期爲限。
第九條 每屆董事會於任期屆滿前一個月，推選次屆董事人選。新任董事會於上屆任滿之日成立，並依第七條第二項規定選舉董事長及副董事長。
第十條 董事會每三個月召開會議一次，由董事長召集併爲主席。董事長因故缺席，由副董事長代理之。董事長、副董事長均缺席時，由董事互推一人代理之。董事長認爲必要或經董事三分之一以上提議，得召開臨時董事會。
第十一條 董事會之決議，須經二分之一以上董事出席，並以出席董事過半數同意行之。
第十二條 董事因故不能出席前條所定之會議時，得委託其它董事代行職務。但每一董事以受一人委託爲限。
第十三條 本會置祕書長一人，由董事長提名，經董事會同意聘任之；解任時亦同。祕書長承董事會之命，綜理本會事務。
第十四條 本會置副祕書長一至三人，主任祕書一人，由祕書長提請董事長同意聘任之；解任時亦同。
第十五條 本會設左列各處，辦理第三條所定業務：
一、祕書處
二、文化服務處
三、經貿服務處
四、法律服務處
五、旅行服務處
六、綜合服務處
各處置處長一人，視業務繁簡，得置副處長一至二人，專員、組員、辦事員、僱員若干人，並得於處下分科辦事。本會視需要得設人事室及會計室。
本會海外及大陸地區設立之分事務所各置主任一人，視業務綮簡，得置副主任一至二人，其它人員配置得比照前項辦理之。
第二項及第三項所定工作人員，由祕書長提請董事長聘任之。其職掌及人員分配，另以職掌表及編制表定之。
第十六條 本會置監事陸人，由捐肋人選聘之，掌理基金、存款之稽覈，財務狀況之監督及決算表冊之查覈等事宜。
第十七條 監事之任期、缺任、給與及次屆監事之產生等，均準用本章程有關董事之規定。
第十八條 本會得因業務需要，由祕書長提請董事長同意聘任顧問若干人。
第十九條(刪除)。
第三章 基金之管理
第二十條 本會之會計年度，與政府之會計年度同。
第二十一條 本會祕書長應於會計年度開始前三個月擬定業務計畫及預算，提報董事會審議通過後執行。
第二十二條 本會基金之保管及運用，應於會計年度結束後二個月內編制基金保管及運用報告、暨全年度決算，提報董事會通過後，送請監事核備。
第二十三條 本會年度經辦業務及基金收支平衡表，均應依法向主管機關報備。
第四章 附則
第二十四條 本會因情勢變更，致不能達捐肋目的時，得依法報經主管機關許可後，解散之。本會解散後，應依法辦理清算。其剩餘財產，歸屬國庫。
第二十五條 本章程未規定事宜，依有關法令規定辦理之。本章程於一九九零年十一月廿一日經董事會通過訂定，於報請主管機關核備後施行。
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