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據臺灣媒體報道，軍購案連續兩個會期在“立法院”受挫，無法付委，據瞭解，“國防部”目前將希望寄託於七月臨時會，同時重新檢討軍購特別預算額度，在必要的情況下，可以將三項軍購案的整體後勤預算移出，納入年度預算編列，如此，軍購案特別預算，將由現行四千八百億元，再降爲四千一百億。
據報道，軍購特別預算最早是六千一百億元，後經移除潛艇自造經費，匯差，以及建案的基礎設施後，調整爲四千八百億元，並於這個會期送達“立法院”；經過一個會期溝通，“國防部”體認到“立法委員”對特別預算金額，有諸多意見，經過相關研討，“國防部”認爲特別預算還有降低七百億元的空間，並將三項軍購案的整體後勤，改由年度預算編列吸納。
據指出，“國防部”現行編列的四千八百億元特別預算，包括三項武器採購的整體後勤，如訓練、零附件等經費，如果這筆經費移除，軍購案特別預算可再降低七百億元，額度爲四千一百億元左右。
由於“國防部”年度預算的投資經費，每年都有固定額度，且都極早規劃，而重大軍購採購案，如四年前美方突然決定軍售潛艇給臺灣，很難納入年度預算，同樣地，爾後重大軍購案，極可能都是潛艇這種模式，如空軍未來爭取第三代戰機軍售案等。因此，“國防部”希望藉着這次軍購案，推動新模式，建立重大軍購案改由特別預算編列，避免影響正常的軍事投資與建軍。
軍方指出，如軍購案特別預算降至四千一百億元，並由年度預算編列整體後勤與訓練所需採購經費，將排擠正常軍事投資，部分規劃案因此可能順延時程。不過，在美方的想法中，三項軍購案中，愛國者導彈一直是美方列爲最優先的順序，這是美軍在亞太軍力部署的一環，未料到，臺灣卻把潛艇列爲三項軍購最優先者，而潛艇金額龐大，把軍購案“弄得更復雜”。
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