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目前事故原因還未完全查明，但綜合各方面的調查結果，購、種兩環節出現嚴重違規是此次事件發生的重要原因。
6月16日到17日，泗縣大莊鎮衛生防疫保健所對全鎮19所中小學的2500名學生接種甲肝疫苗。截至目前共有121名學生出現異常反應，其中重症20名，1名死亡。這些學生普遍反應頭疼、胸悶、四肢乏力，嚴重者呼吸困難，間歇性四肢痙攣，並伴有心肌損傷症狀。
事件發生後泗縣有關部門一方面加緊對發生不良反應的學生緊急治療，另一方面，就地封存了了剩餘的甲肝疫苗。21日安徽省食品藥品監督管理局和衛生廳組成聯合調查組赴泗縣瞭解事件發生全過程。記者從聯合調查組獲悉，目前的證據表明鎮防保所在購買甲肝疫苗和接種甲肝疫苗過程中存在嚴重違規的行爲。首先，疫苗的購貨渠道混亂。鎮防保所購進的4000支甲肝疫苗生產單位均是浙江普康生物製藥有限公司，規格爲每支1毫升，其中1000支系縣防疫站提供，3000支爲所裏購買。負責採購疫苗的防疫員周士凱稱，這3000支是他在6月15日從滁州市一個體戶張鵬處購得，開具的是阜陽齊力醫藥有限責任公司的假髮票。有關部門沿此線追蹤張鵬尋求更多的線索時，張鵬突然失蹤，目前滁州方面正在尋找此人。由此，調查組稱，目前還不能肯定不具備疫苗營業資格的張鵬通過什麼渠道從普康公司購進甲肝疫苗，又是怎樣與大莊鎮防保所接上業務關係，從他這個渠道還曾向外賣出多少甲肝疫苗。
記者瞭解到，普康公司的兩名工作人員也已到達泗縣，在觀察剩餘的疫苗外包裝後，他們初步判斷這些疫苗確係該廠生產，但這兩名工作人員不願進行書面證明。
其次，鎮防保所在接種疫苗過程中也存在多處違規之處。根據《疫苗流通和預防接種管理條例》第29條，接種單位應當依照國務院衛生主管部門的規定對接種情況進行登記，並向所在地的縣級人民政府衛生主管部門和縣級疾病預防控制機構報告。但據泗縣在26日的情況通報，鎮防保所進行如此大規模的集體接種，未經過縣衛生、教育主管部門和大莊鎮政府同意，是擅自與19所中小學校聯繫進行接種。同時在接種過程中也缺少詳細記錄，給學生接種的甲肝疫苗共有6個批號，缺少記錄給衛生部門分類排查比對帶來了極大的困難。在泗縣大莊鎮，羣衆普遍還存在着這樣的疑惑，甲肝疫苗是二類疫苗，不屬於強制接種範圍，但防保所此次接種行動涵蓋了全鎮所有的中小學，防保所與學校之間爲何能達成默契？記者瞭解到疫苗接種利潤極高，防保所購進的普康生產的甲肝疫苗價格爲每支6.4元，加上每支0.2元的注射器，成本不到7元，但每名學生被收取了25元的免疫費，學校則能按每名學生1元的標準獲取提成。
安徽省藥監局的同志告訴新華社記者，24日被封存的疫苗樣品已送至中國藥品生物製品檢定所，最快10天后能得出對疫苗安全性的結論。25日，安徽省食品藥品監督局稽查處已派人趕赴浙江杭州，詳細瞭解普康公司疫苗生產銷售情況。
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