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早在10月14日，農業部辦公廳新聞辦接受某媒體採訪時稱，高致病性禽流感預防工作形勢嚴峻。其原因在於：周邊國家疫情明顯擴大；帶毒候鳥威脅很大；中國家禽以散養爲主，不利於控制。
自從內蒙古出現禽流感疫情之後，國務院召開了防控禽流感會議，提出五條措施防控禽流感。衛生部、農業部、國家質檢總局等單位也先後確定了合作機制，國家防控體系嚴陣以待。
爲了更好地控制突發公共衛生事件，衛生部、農業部已經聯合下發文件，制定了《衛生部農業部關於人畜共患傳染病防治合作機制》。該合作機制要求兩部門建立部門例會制度，每季度召開一次；定期通報全國人畜共患傳染病的人和動物疫情。發生人畜共患傳染病爆發疫情要在接到疑似或確診報告後24小時之內互相通報，並且根據疫情情況，雙方共同組織專家組，開展流行病學調查及實驗室檢測，並根據調查結果提出防治對策建議。
此外，衛生部還先後與國家質檢總局簽署《質檢總局與衛生部應對口岸公共衛生事件合作機制》，與香港特區政府衛生福利及食物局、澳門特區政府社會文化司共同簽署《關於突發公共衛生事件應急機制的合作協議》，以應對禽流感傳播。“國家已經有相關的法律保障對突發公共衛生事件的處理。”北京大學法學教授孫東東認爲，經過“非典”的教訓，國家已經建立了一個應急體系，衛生部、農業部等相關部門都在密切關注此次禽流感疫情的發展，疫情是可控的。目前需要生物學家加強對禽流感這種病毒的研究。
孫東東認爲，我國目前還沒有出現大規模的禽流感疫情，不必那麼緊張。各個地方需要做好監控工作，防止禽流感的傳播。
與此同時，不少省市已經開始採取措施，嚴防禽流感的傳播。
北京市確定了八大措施嚴防禽流感，確保應免疫禽只的免疫率達到或接近100%，並表示必要時會禁止活禽交易。要求各公路、鐵路、航空檢疫監管站24小時上崗，以防疫情通過流通環節傳入。並在全市設立了57個候鳥檢測點，監視候鳥越冬狀況。
在重慶市，對規模養殖場實行強制免疫，101個檢查站24小時攔截入渝可疑動物產品。
上海市對所有海陸空旅客入境通道，全面實施入境人員的鞋底消毒，對來自疫區的肉禽蛋一律銷燬。
陝西省要求對省內種禽免疫達到100%，做好病舍消毒工作以及疫情預測預警，此外還要工作人員駐村駐場觀察，責任到人密切監視。
此外，香港衛生福利及食物局長周一嶽在接收媒體採訪時表示，香港或內地若出現禽流感人傳人疫情在社區爆發，香港可能需要封閉口岸，以免病毒擴散。
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