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2006年12月29日，國家藥監局通報了鄭筱萸被“雙規”的消息。比起兩位從任職崗位上被直接帶走的下屬，藥監局局長鄭筱萸被“雙規”是在卸任一年零六個月之後，三人的共同點是：涉嫌受賄。第一個被捕的醫療器械司司長郝和平，受賄罪名成立，獲刑15年；藥品註冊司司長曹文莊和局長鄭筱萸的調查還在進行中。
1994年，時任浙江省工會主席的鄭筱萸被提拔爲國家醫藥管理局局長，有23年藥廠工作經驗的他又回到了本行。作爲藥監局的前身，國家醫藥管理局沿襲了計劃經濟時代的政府職能，爲醫藥行業制定標準和行業規劃，其下部門以企業管理司權力最大，負責審批藥廠。不過當時審批藥廠的標準是，考量該廠的藥品品種和數量，而藥的審批權，歸衛生部下屬的藥政司。但當時國家醫藥管理局和衛生部藥政司都沒有太大的審批權力。曾在企業管理司做副司長的駱詩文介紹說:“從1982年開始，各省醫藥管理局自行審批藥廠，甚至各有各的行業標準，各省衛生廳的藥政科自行審批新藥，1984年只有400家藥廠，到了1998年已經有6983家藥廠。另一個問題是，衛生部門既管醫療又管藥品的體制，導致醫藥不分家。”1989年國務院下發29號文件，要求全國醫藥市場整頓。然而在各省的實際情況是，藥廠數量急劇增加，對於醫院市場競爭激烈，醫藥代表因此成爲90年代一支奇特的隊伍。
成立藥監局，回收權力，成爲整肅醫藥市場的效率法寶。1998年3月，國務院機構改革，國家醫藥管理局撤銷，藥監局成立。儘管鄭筱萸的級別依然是副部級，但權力卻儼然不同於往日。首先，醫藥局和衛生部藥政司合併，而藥政司審批註冊新藥的權力被強化。1984年通過的《藥品管理法》在2001年被修訂，各省不再有註冊新藥的權力，只有材料審覈權，研製、生產新藥必須通過“國務院藥品監督管理部門”，也就是國家藥監局的批准。拿到代表國家藥監局集中權力的“國藥準字”，是每一種新藥的第一關。以省名開頭的“X衛藥準”逐漸被要求退市。
由於“未曾在中國境內上市銷售的藥品”都被列爲新藥，大多數廠家忙於將原來的“普藥”改頭換面，改變包裝、劑量和用法，並加入一些無用成分，申報註冊成新藥。“齊二藥”事件中的“亮菌甲素注射液”和“欣弗克林黴素注射液”都是此類新藥。藥的定價雖然是由物價局決定，但是歸類爲“普藥”還是“新特藥”由藥監局來決定，新特藥可以企業自主定價，普藥是政府指導價。2004年中國註冊的10009種新藥全部都是仿製藥，卻高出原來產品數十倍的價格。
除了藥品，藥廠也成爲藥監局的權力範圍。另一個被鄭筱萸當作施政目標狠抓的則是針對藥廠的國際通用的GMP認證，即針對藥企的《藥品生產質量管理規範》。在藥監局做過副司級巡查員的駱詩文說:“這一套完全是從美國FDA學來的，用硬性的技術指標整合藥廠。”1999年，作爲經濟實體的藥企的審批權和監管權歸入藥監局。懷有縮減藥廠數量，爭取在質量和規模上形成優勢的想法，鄭筱萸的講話和視察一半以上都在推廣GMP。但是GMP的認證方法卻出現了問題。檢查標準是國家藥監局統一制定的，製藥單位在檢查之前就接到通知，將各項指標量化之後迎接檢查，而檢查方式則是國家和省藥監局共同出面。企業有充分時間和能力對付GMP認證。通過認證以後5年有效，使藥廠只重審批不重監管。
2006年5月15日，國家藥監局正式公佈了《藥品GMP飛行檢查暫行規定》。然而產生走過場認證的根本原因，在於GMP事關藥廠的生死存亡，而藥監局強調的是監督和管理藥品和藥廠的微觀層面，缺乏產業規劃能力，更沒有地方經濟宏觀調控的視野，只能在技術硬件方面對藥廠做出硬性要求。1998年藥監局成立時，原來屬於衛生部藥政司的醫藥經濟運行司的職能，即產業規劃引導，被歸入國家經貿委經濟運行司的醫藥處。中國藥品企業競爭力課題組組長李磊教授說:“GMP認證本來牽扯到產業佈局和當地經濟發展的藥企生產資格認定，卻完全被作爲市場行爲放開了。而且，和新藥的空子一樣，原來做一個藥廠的生產資格認證，需要國家二類新藥等一系列技術產品的要求，現在卻沒有這些要求了，只注重了硬件的要求，資本投入、實驗室標準等。”鄭筱萸整合藥廠的結果是，2002年以後，大批藥廠通過認證，花費了大量資金調整硬件以符合標準，也成爲各省藥監局腐敗案的導火索。浙江省藥監局局長周航被捕就是因爲利用GMP認證的權力收受藥企賄賂。
體制轉換和市場規則重新樹立帶來的權力空間中，藥作爲商品衍生出來的各種關係和無序的社會福利結構糾纏在一起，造成了一個個黑洞。1998年除了讓醫藥分家，也提過將市場和監管分開，儘管醫藥分別歸屬於衛生部和藥監局兩個部門，看病貴的問題卻並沒有得到解決。良好的改革初衷需要不斷的體制完善。
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