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2007年，《楚天都市報》報道的文章《武漢大學電信學院7名本科生即將赴美留學》中提到，艾勇培養指導的學生佔了其中3名。6月21日，一則國家自然科學基金委員會監督委員會發布的處罰公告登上許多新聞網站頭條，兩名因抄襲他人論文成果受到通報批評的教授在衆人的質疑與責罵聲中站在了風口浪尖。22日，此次被點名通報批評教授之一、正在北京進行項目研究的武漢大學教授艾勇接受了本報記者的獨家採訪。
要求登道歉雜誌社稱無必要
“我覺得論文寫作方面有些問題，對這點我確實負有把關不嚴的責任，但論文中所有引用的文獻都進行了標註，說有嚴重抄襲行爲我不能同意。在大學裏，並不是所有的教授都願意帶本科生的。我是個樂於喜歡幫助本科生的‘傻教授’，卻享受了‘非禮’待遇，有些話不吐不快。”一夜未眠，艾勇教授接受了本報記者採訪，首次迴應“教授抄襲事件”。
據瞭解，《處理決定》中提及的抄襲論文《平流層多波長自由空間光通信系統》發表在2005年《應用激光》25卷第3期上，第一作者是武漢大學一名2001級本科生，目前正在攻讀碩士學位。艾勇當年希望該學生調研一下國內外研究技術的動態情況，但這名學生找到的文獻並不多，從而說明該內容具有新意。於是，艾勇建議這名學生根據調研結果整理出一篇介紹性文章並投稿。
在前後經過艾勇的審閱和修改後，艾勇讓這名學生投稿到雜誌社，文章隨後被雜誌社以學術論文形式發表。後來，艾勇聽說有人舉報該論文存在抄襲嫌疑後仔細查看了論文，覺得雜誌社將該論文放在學術欄目中，“確實不合適，會使人認爲我們做了論文中的研究工作”，隨後艾勇與雜誌社取得了聯繫，希望能夠刊登一個道歉聲明:申明該論文是介紹性文章而不是研究性文章，對由此引起的誤解表示道歉，但雜誌回信說“沒有必要刊登”。
2006年，根據來信舉報，國家自然科學基金委員會監督委員會前往武漢大學調查這一事件，艾勇做了答辯，並表示承擔相應責任。2007年3月，武漢大學通知，“基金委決定撤銷對艾勇科學基金項目的支持，取消其申請國家自然科學基金項目資格3年”。
然而過去3個月後，原本心情平靜下來的艾勇再次因爲新聞報道而陷入困境。
對《處理決定》提出4點異議
首先，艾勇認爲《處理決定》中“艾勇要求該大學生按照學術論文格式整理成文”的說法不對。“實際情況是，我建議該學生將調研資料整理一下，按照介紹國外新技術的格式寫篇文章，介紹國外平流層激光通信技術，這從論文題目《平流層多波長自由空間光通信系統》也可看出這一點。”
其次，《處理決定》中指出“艾勇將本科生閱讀文獻的讀書報告，以學術論文體例發表，其內容主要來自一篇文獻，而自己沒有做任何研究工作。”艾勇解釋說，“這種表述馬上讓人聯想到我在剽竊該學生的東西，實際上該論文全部是該學生所寫及投稿，且學生是第一作者，我是署名第二作者，這樣的罪名我很難承擔。”
再次，針對《處理決定》中的“抄襲他人論文的事實清楚”，艾勇說，“如果沒有標出參考文獻的話，那確實有成果剽竊之嫌。而該論文的情況是：第一至第三頁的內容都是介紹性的東西，且都在有關地方標出了相應的所有引用參考文獻。在關鍵的第四頁仿真分析章節當中，文中列出的仿真模擬結果圖表均來自國外的同一篇文獻，但我們在該章節的標題後專門標註了所引用的參考文獻，說明該章節標題下的內容均來自該文獻，而不是我們的研究結果。”
最後，針對《處理決定》中認爲該論文“雖然列出了引用文獻，但是沒有給出頁碼和正確引用內容”，艾勇認爲，“既然論文給出了引用文獻，是否還能定義該論文存在抄襲呢?這是我最不理解的地方，雖然文獻頁碼標掉了，論文的其他信息，如作者、論文發表時間、卷、期號都有，這不是在隱瞞論文出處。文獻標示不規範和沒有標示是性質完全不同的問題。”
學生看到新聞報道哭了
“艾老師培養本科生的成績衆所周知，絕不可能拿一個本科生的讀書筆記去發表，這事肯定另有隱情”，武漢大學陳晶博士向記者表示，“學生犯了錯，教授來承擔責任，這需要很大的勇氣而不是更深的傷害。”
“作爲涉及抄襲文章的第二作者，艾老師實際上是一個人承擔了全部的責任，他沒有說過原因，但是我覺得他是爲了保護那個學生，因爲他不希望這個事情影響這個學生的未來”，在武漢大學電信學院碩士研究生吳煒祺的眼中，艾勇和藹、睿智，甚至有些靦腆。“幾位艾老師的學生見到網上的報道馬上就哭了，因爲他始終像慈父一樣對待我們”，武漢大學博士葉德茂見到報道後非常氣憤，“那篇報道斷章取義，這對艾老師很不公平。”即將赴美留學的劉同學就出自艾勇的實驗室，他向記者回顧了一個細節，“艾老師爲人嚴謹，我曾經請他幫我寫推薦信，他改了4遍纔給我，他不可能抄襲論文。”
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