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各部門、單位在做好2006年度中央預算執行和其他財政收支工作的同時，對2005年審計發現的問題已認真整改，並根據審計建議完善制度規定121項。審計發現的106起重大違法犯罪案件線索移送司法機關和紀檢監察部門查處後，有94人被逮捕、起訴或判刑，177人受到黨紀政紀處分。
三九集團原法定代表人
趙新先被立案查處
對三九企業集團等8家中央企業領導人員的經濟責任審計，檢查資產總額2916億元，佔這些企業賬面資產總額的63%。三九企業集團原法定代表人趙新先因涉嫌經濟犯罪被立案查處，其他7家企業的領導人員未發現有個人經濟問題。
審計結果表明，這些企業領導人員在任職期間，大多數都能夠認真履行職責，積極加強管理，不斷深化改革，但這些企業在經營管理方面仍存在一些問題。
整改措施：各企業高度重視審計發現的問題，從完善內部控制、健全經營機制等方面制定了整改措施，已完善制度規定79項。
社保基金違規達47.88億
審計署組織對29個省本級和省會城市、5個計劃單列市的企業職工基本養老保險基金、城鎮職工基本醫療保險基金和失業保險基金進行了審計，並延伸了部分城市。
審計發現2000年以來發生的違法違規問題47.88億元，主要是：用於彌補“補充醫保基金”及借給企業等16.69億元；用於委託金融機構貸款、對外投資等5.44億元；用於購建辦公用房及彌補行政經費等3200萬元；未按規定實行專戶管理23.37億元。
整改措施：有關地方政府針對審計查出的問題制定了整改措施，已償還被擠佔挪用的基金15億元。
三峽移民款違規多得2.89億
三峽庫區移民搬遷安置工作規劃2009年完成。這次審計發現的問題是：一些部門單位違規使用、虛報多得移民補償和政策性補助資金2.89億元，主要用於非移民項目建設、行政經費開支、平衡預算等；移民培訓費支出結構不合理，移民技能培訓支出佔比較低；部分移民後期扶持項目實施緩慢。這次審計還移送涉嫌違法犯罪案件線索5起。
整改措施：針對移民資金審計發現的問題，三峽辦成立了整改工作檢查指導組，大部分問題已糾正。
百條公路違規收費149億
這次審計調查的北京、河北等18省(市)收費公路總里程8.68萬公里，佔這些省(市)收費公路總里程的65%，佔全國的45%。從審計調查情況看，部分公路違規收費，增加社會負擔。審計調查發現，16省(市)在100條(段)公路上違規設置收費站158個，截至2005年底違規收取通行費149億元；7省(市)提高收費標準，多徵收通行費82億多元；12省(市)的35條經營性公路，由於批准收費期限過長，獲取的通行費收入高出投資成本數倍乃至10倍以上，成爲“高價公路”。
整改措施：對審計調查發現的問題，有關地方正在積極整改。
-新聞分析
從審計報告看中央依法理財決心
與以往報告相比，今年的審計報告評價更爲客觀，結構更加嚴謹，內容更加豐富。從報告中不難看出，中央政府依法行政、依法理財的決心和能力。
今年報告在反映審計情況時，注意首先用較多的篇幅、較爲全面地表述基本概況，以便於完整反映中央預算執行及每項資金管理使用的全貌；在揭示問題時，注意把審計事項和發現的主要問題放在整個中央預算執行的大背景下進行考察和審視，揭示普遍性、傾向性的問題，以便實事求是、客觀地做出分析和評價。這樣從總體上集中反映問題，有利於引起重視，促進更好地研究和解決這些共性問題，提高中央預算管理的整體水平。
從近年來審計情況看，查出的很多問題實質是體制機制上的問題，是由於體制機制不完善造成的。爲了適應客觀形勢的這一要求，審計報告注重反映了一些體制機制上的問題。如報告反映的“財政部、稅務總局批准6戶金融保險企業，用工效掛鉤辦法覈定的職工工資作爲企業所得稅納稅扣除額，致使這些企業納稅工資扣除額大大高於未實行這種辦法的企業，減少了企業所得稅”的問題，並不屬於違反稅法等法律的規定，但這一做法，客觀上“有悖公平稅負原則，也不利於發揮稅收調節行業收入分配的作用”，是屬於合法不合理的問題。
關注民生是審計工作貫徹落實中央方針政策的具體體現。這在今年的審計報告中得到了較好的體現。如社會保險基金、天然林資源保護工程資金、三峽庫區移民資金等都涉及人民羣衆的切身利益。
爲宏觀調控服務是審計監督的職責所在。今年的審計工作報告着眼於宏觀調控政策是否得到執行和落實，將這方面存在的突出問題作爲反映的重點。如對18省(市)收費公路的調查，在肯定“貸款修路、收費還貸”政策的作用的同時，反映了收費公路的建設、運營和管理存在的問題。審計情況爲促進國家進一步完善政策制度，加強宏觀調控和管理提供了可資參考的依據。
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