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“行政管理體制尤其是財稅體制上還存在一些深層次的問題亟待解決。”——李金華在作審計報告時如是說。
審計署相關負責人表示，從近年來的審計情況看，查出的很多問題實質是體制機制上的問題。
如報告反映的“財政部、稅務總局批准6戶金融保險企業，用工效掛鉤辦法覈定的職工工資作爲企業所得稅納稅扣除額，致使這些企業納稅工資扣除額大大高於未實行這種辦法的企業，減少了企業所得稅”的問題，並不屬於違反稅法等法律的規定，但這一做法，客觀上“有悖公平稅負原則，也不利於發揮稅收調節行業收入分配的作用”，是屬於合法不合理的問題。
報告反映的轉移支付資金使用中，“有些地區根據當地情況對已批准的項目作了部分調整，雖不符合有關規定，但符合實際需要”。這是屬於合理不合法的問題。
據不完全統計，2005年中央財政補助5省(區)的190項專項轉移支付中，有53項存在內容交叉重複的問題，涉及資金56.66億元；按項目分配的有92項，涉及資金299.22億元，具體分配到30818個項目單位。其中10萬元以下的項目9415個，平均每個項目僅3.4萬元。
“這裏涉及到中央和地方的財稅劃分的問題，10萬元以下的項目這麼多，地方的項目佔大多數，但是審批集中在中央。形成了‘辦事的是地方，掏錢的是中央’。”審計署審計科研所一位研究員表示，中央決策的過程中，存在信息不對稱，而且政府層級越多，信息不對稱就會放大，所以決策和客觀事實、現實需要存在偏差，造成了被動挪用等狀況發生。
審計暴露出的財稅體制問題還有一系列的財政權限的決策上劃分和制約不清楚。
該研究員表示，其中最典型的就是財政部國債發行業務經費問題，自己收取自己用。和自己的利益相關，但是不受任何制約。
“國債發行業務經費沒有任何規定，是體制上的空白，還有隨意追加投資問題，一些有規定的不遵守可以變成事實，還是說明制度是有缺陷的，缺乏有效的制衡。”他建議對建議有預算決策權的部門，應當設立相應的部門通過法律授權來審覈監管這些部門自己的預算。
上述審計署負責人表示，報告反映的中央部門所屬單位審計調查情況，很多問題是由於“行政管理體制改革尚未完全到位，行政職能界定不清，對部門行使權力的監督不到位”造成的，很多問題是由於“部門所屬單位的管理體制和運行機制沒有完全理順”、“政府機構改革過程中，所屬單位成爲消化部門分流人員的重要途徑”而引發的。
該研究員表示，審計暴露出關於行政體制的問題包括：政府和所屬單位的關係，沒有真正釐清，很多“父子關係”，界限沒有劃分；政府職能和所屬單位的職能也不清楚，一部分政府職能由下屬單位行使，要弄清政府的邊界在哪裏。
“這些是事業單位改革當中需要面對的問題。”上述審計科研所的研究員說。
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