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2006年
9月20日，安倍晉三在自民黨總裁選舉中以464票的絕對優勢當選新總裁。26日，他在衆參兩院指名選舉中均獲得過半數選票，當選第90任日本新首相。
9月29日，安倍在國會衆議院全體會議上發表施政演說，強調在加強“自主外交”的同時，進一步鞏固日美信賴關係，加強日本與中韓兩國的信賴關係；進一步推進行政和教育改革，儘快修改憲法。
10月8日至9日，安倍應溫家寶總理邀請，對中國進行正式訪問。兩國領導人就中日雙方改善和加強兩國關係的重要性達成了新的共識。中日關係打開持續五年的政治僵局，走上正常發展軌道。
10月10日，安倍在日本衆議院預算委員會回答各黨代表質詢時表示，日本的無核三原則沒有改變。
12月27日，日本行政改革擔當大臣佐田玄一郎因政治資金醜聞宣佈辭職。
2007年
1月9日，日本防衛廳正式升格爲防衛省。安倍任命防衛廳長官久間章生爲防衛大臣。
4月13日，日本國會衆議院通過了旨在確定修改憲法程序的國民投票法案。5月14日，國會參議院也通過了該法案。
4月26日至27日，安倍訪問美國，兩國領導人就強化美日戰略同盟關係、伊拉克戰爭、伊朗問題、朝核問題等諸多問題進行了討論。安倍還就“慰安婦”問題道歉。
4月28日至5月2日，安倍先後訪問了沙特阿拉伯、阿聯酋、科威特、卡塔爾和埃及五國。
5月28日，日本農林水產大臣松岡利勝在東京自縊身亡。
6月30日，日本防衛大臣久間章生髮表美國向日本投放原子彈是“無奈之舉”的言論，7月3日被迫辭職。7月4日，安倍回答記者提問時表示，日本在不能原諒投放原子彈的問題上態度不變。
7月29日，自民黨在日本國會參議院選舉中遭到慘敗，而最大的在野黨民主黨取得勝利，成爲參議院第一大政黨。
8月1日，農林水產大臣赤城德彥宣佈辭職。此後，內閣官房長官和總務相相繼曝出政治資金醜聞。
8月27日，安倍調整了自民黨領導層並對內閣進行重大改組。
9月3日，農林水產大臣遠藤武彥因資金醜聞而引咎辭職。隨後，環境大臣鴨下一郎、新農林水產大臣若林正俊、總務大臣增田寬也相繼曝出政治獻金醜聞。
9月9日，安倍在澳大利亞悉尼表示，如果日本國會不批准延長《反恐特別措施法》，他將辭職。
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