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針對當下沸沸揚揚的“華南虎事件”，中科院院士何祚庥接受《法制日報》採訪時表示，“‘華南虎事件’是如何落實‘科學執政’理念的典型一案。”
中共十七大報告提出了三種執政理念：科學執政、民主執政、依法執政。科學執政的概念被放在了首位。何祚庥說，科學執政就是要求政府部門在執政過程中，貫徹科學的思想、科學的制度和科學的方式。
即使照片是真，就說存在野生華南虎；或者即使有很多間接證據證明，曾有人看到過華南虎身影，但因爲缺乏直接證據，“這也不能說是科學的思想，因此也不是科學的方法”。
“在現有的證據下，陝西省林業廳作爲政府部門去主張存在野生華南虎的觀點，不僅不能讓人信服，還有失作爲政府部門的公允，使政府公信力大大降低。這也不是科學的態度。”
“因此，就‘華南虎事件’而言，陝西省有關部門並沒有真正落實好‘科學執政’。”
2007年10月3日，周正龍在鎮坪縣神州灣拍攝了71張野生華南虎照片，包括40張數碼照片和31張膠捲負片。隨後，陝西省林業廳組織專家對照片真僞進行了鑑定，最終鑑定結論爲：照片是真。據此，陝西省林業廳對外公開宣佈，野生華南虎在陝西境內仍存在活體。何祚庥並沒有否認這一結論。但他表示，“照片是真”與“確存野生華南虎”之間，沒有必然的因果關係，“是有關部門有意的誤讀”。因爲有關專家所言“照片是真”，並不意味着“照片上的老虎也是真的”，“這些專家也並沒有承認確有野生華南虎。”“當然這和參與鑑定專家的曖昧態度有關，他們只說了半句話。”
他分析認爲，最近的所謂民間鑑定的結論是“照片上的老虎爲‘平面虎’”，“也就是說，照片可以是真的，但老虎是假的”。根據目前整個事件的有關進展情況，何祚庥說：“我判斷這起事件，是‘周正龍真的拍攝到了假老虎’。”
但何祚庥亦說，他支持國家林業局的做法，因爲照片真假已經不是關鍵問題，關鍵問題是找到野生華南虎，進而保護野生華南虎。“這纔是本次事件中‘科學執政’的核心問題。”
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