陳水扁邀馬英九在就任前參加臺灣“2008玉山政軍兵棋推演”，遭到馬英九以“行程緊湊”爲由婉拒出席。陳水扁辦公室人士稱，感到“可惜”，但兵推仍會照常運作。
據臺灣東森新聞報道，臺當局“總統府”人士表示，經4月1日陳水扁與馬英九會晤、4月3日臺當局“總統府祕書長”陳唐山與馬蕭陣營權力交接小組召集人詹春柏會晤後，已經啓動“政權”移交相關工作，凡屬防務、兩岸、外事等事務，涉及機密部分，將以馬、蕭需求爲主，只要他們有需求，“府”方會提供必要的協助。
據悉，臺當局今年的兵推預定以4月24日作爲發動日，在陳水扁下達緊急指示後，隔天25日，所有相關人員完成進駐準備作業。陳水扁並且與臺當局其它相關“部會”負責人在特定時間進入大直圓山指揮所；按照規劃，呂秀蓮則趕赴其它戰備指揮所，透過視訊進行兵推。
