據日本時事通訊社9月5日報道，日本首相小泉純一郎9月4日就日本海上發現疑爲朝鮮可疑船隻事件表示，他準備在日朝首腦會談時，與朝鮮領導人金正日討論這件事。
小泉當天說，“(將在首腦會談中)談論這次和過去的所有可疑船隻問題”。但他表示，“可疑船隻事件不會影響日朝首腦會談”。
另外，日本《讀賣新聞》報道稱，“日方拍攝的照片，確認了可疑船隻掛着表示朝鮮籍船隻的旗子”。但是，日本政府做出了由於可疑船隻發現在公海，沒有侵犯日本主權的結論。
9月17日，小泉將訪問朝鮮，與金正日舉行首腦會談。
