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非典型肺炎疫情發生以來，各級財政切實做好財政保障工作，從資金、政策和措施等方面全力支持和保障抗擊“非典”的需求。中央財政20億元非典型肺炎防治基金按照急事急辦、特事特辦的原則，以最快速度撥付，目前已支出9億元。
中央財政20億元“非典”防治基金中，支持地方用於“非典”患者和相關醫療設備、儀器購置3.9億元，支持衛生部科研攻關、疫情監測等工作2000萬元，建立突發性公共衛生事件應急反應機制3.1億元，安排醫藥專項儲備資金6000萬元，安排在京中央醫療機構6500萬元，用於參加“非典”防治工作一線醫務和防疫人員臨時補助、急需防護設施和醫療設備購置以及爲農民和城鎮困難“非典”患者免費醫療救治墊付的費用。爲支持北京小湯山醫院醫治非典型肺炎病人，安排購買醫療設備、儀器經費4000萬元。
爲援助香港防治“非典”物資購置，中央財政預撥了1億元專項資金。
地方各級財政也加大了“非典”防治經費投入。截至5月6日，地方各級財政已安排“非典”防治經費超過50億元。
爲了保障農民和城鎮困難羣衆中“非典”患者及時就醫，4月29日，財政部與衛生部下發了《關於農民和城鎮困難羣衆非典型肺炎患者救治有關問題的緊急通知》，明確規定對這部分人員中的“非典”患者實行免費醫療救治，所發生的救治費用由政府負擔。4月30日，衛生部、財政部、勞動保障部、民政部聯合下發了《關於非典型肺炎患者和疑似病人繳納救治費用有關問題的緊急通知》，要求醫療機構救治“非典”患者簡化手續，並規定檢查費用和救治過程中發生的各項費用，採取記賬方式，事後按有關規定渠道解決。
爲了保證醫療機構和人員更好地開展“非典”防治工作，財政部與有關部門下發通知，要求各省、區、市對“非典”防治一線工作人員給予特殊補助，並制定了中央級醫療機構(包括軍隊、武警)及醫務人員的具體補助政策。
經國務院批准，制定出臺了有關稅收優惠政策。一是對境外捐贈的防治“非典”防護用品、診斷設備、治療和監護設備以及救護車、防疫車和消毒車免徵進口關稅和進口環節增值稅；二是對參加“非典”防治工作一線的醫務和防疫工作者特殊臨時性工作補助等所得免徵個人所得稅；三是國內企業、個人等社會力量向“非典”防治工作的捐贈，允許在繳納所得稅前扣除；四是對北京經營蔬菜的個體工商戶在“非典”疫情期間免徵增值稅、城市維護建設稅、教育費附加和個人所得稅。
4月30日，財政部下發了《關於中央部門調整2003年部門預算保障“非典”防治經費的緊急通知》，要求中央各部門根據黨中央、國務院關於防治“非典”工作的要求，壓縮會議費、差旅費、培訓費和出國費等一般性公用經費支出，以保證“非典”防治工作需要。同時，爲便於中央財政及時瞭解各地“非典”防治經費安排情況，督促各地財政部門落實資金，建立了資金調度機制和“非典”防治經費投入情況統計制度。
財政部下一階段還將與有關部門合作，針對農民和城鎮困難羣衆“非典”患者免費救治及其他“非典”患者醫療救助中可能出現的新問題，進一步研究採取具體措施，確保免費救治和醫療救助工作落到實處。同時確保防治“非典”資金需要，全面深入地研究此次疫情對我國財政經濟運行狀況的影響，進一步研究制定相關的財稅政策。
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