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據審計署消息，2004年6月起，審計署昆明辦和審計署海關審計局聯合組成了審計調查組，對清華大學進行了審計，審計中發現該校在經濟管理中存在一些不足。
清華大學財務部門根據建設世界“一流大學”的發展目標，結合這次審計發現的情況以及提出的建議，進一步加強了制度建設、財務管理及會計覈算，並取得了良好的成績。
此外，清華大學對後勤等單位的投入與產出，理清產權關係等方面進行了明確，在摸清後勤單位“家底”的基礎上，結合審計發現的情況，進一步規範了後勤單位的資金管理，清理了後勤單位投資保險的問題，爲下一步推進後勤單位社會化改革打好基礎，並提供了決策依據。
鑑於審計發現學校部分科研項目結題管理中存在的不足，爲了解決科研合同到款、科研項目結題與財務系統數據等多個環節的協調問題，學校財務處、科研院和計算中心等部門聯手，開發一套新的系統，通過該系統可以做到財務數據和科研管理部門資源在相關部門間的共享，實現科研合同簽訂、經費到款、項目結題以及數據分析的協調管理。
清華大學還積極完善現行制度，深化會計委派制工作；將個人收入實現由銀行統一代發；積極推進校園卡建設等。這些做法不僅提高了工作效率，而且加大了財務監督的力度，進一步完善了清華大學的財務管理。
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