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在國務院的政府組成部門中，財政部負責編制年度中央預決算草案並組織預算執行，也被稱爲國家的“錢袋子”，而另一個部門，國家發展和改革委員會是中央財政一級預算單位，負責組織分配中央預算內投資、國債投資和其他政府投資。可以說，這兩個部門共同承擔中央預算管理任務。
審計公告稱，財政部在中央預算管理、制度、體制等方面還存在一些需要進一步改進的問題；國家發改委在組織分配政府投資、預算執行和執行上年審計決定等方面也存在諸多不規範的地方。
這些不規範包括：
(一)中央部門人均基本支出水平差距較大，相差10倍以上。
公告稱，雖然財政部對部分部門的部分項目實行了定員定額管理，但歷史原因形成的部門之間佔有資源的不平衡，導致基本支出水平出現了不合理差異。據對45箇中央部門2004年決算抽查，部門人均基本支出水平高低相差10倍以上。
(二)中國人民銀行、國家廣播電影電視總局的收支未完全納入中央預算。
目前，財政部對中國人民銀行的預算管理採取覈定基本支出、項目支出、其他支出指標，由其在收入中直接坐支的辦法，導致中國人民銀行的財務收支均未在中央預算收支中體現，且人均基本支出水平過高，既影響中央預算的完整，也不利於人大、政府的監督和管理。
目前，財政部對國家廣播電影電視總局所屬的中央電視臺、中央人民廣播電臺實行預算包乾的辦法，其廣告收入作爲事業收入，免繳所得稅，並分別按13%和10%的比例上繳國家廣播電影電視總局。審計署認爲，這種做法不利於加強財政預算管理。
(三)有的中央本級支出預算與補助地方支出預算劃轉不規範。
2004年，財政部在預算執行中將中央本級支出預算99.47億元劃轉爲補助地方支出，將補助地方支出預算26.67億元劃轉爲中央本級支出。
公告認爲，出現這種情況，既有某些政策規定與預算管理制度不相符合的原因，也與年初預算未能細化到部門和項目有關。
(四)財政部未完全將公有住房出售收入統籌用於職工住房補貼。
2004年，財政部在中央和國家機關公有住房出售收入結存資金達82.1億元的情況下，在預算內安排中央部門單位住房補貼支出30億元，不符合國家關於向職工發放購房補貼，應首先使用本單位公有住房出售收入等形成的住房基金的規定。
(五)國家發改委對有些縣際和農村公路改造工程審查把關不嚴，安徽等9省通過重複申報等多獲取中央補助資金13.2億元。
審計署抽查發現，安徽、陝西、貴州、河南、廣東、四川、江西、山西、新疆9省(區)124個項目，以縣際和農村公路改造、扶貧公路、旅遊公路等多種名義重複申報，或多報建設規模等，獲取中央補助資金13.2億元。
(六)國家發改委超範圍安排投資2048萬元。
2004年國家發展改革委在“中西部地區基層司法所”4億元投資中，對非中西部省份安排299個項目2048萬元。(七)中央預算內基本建設投資年初預留比例過大，有些國債投資計劃下達不及時。
2004年，國家發改委在安排中央預算內投資304.5億元時直接預留74.8億元；在審批下達的229.7億元中，含有可研報告尚未批覆和“打捆”項目40.3億元、4個部門未細化的投資15.1億元。實際年初落實到項目的資金雖有提高，但還未達到75%的要求。另外，在安排國債投資1480億元時，有38%的國債投資直到第4季度才下達計劃，“優質糧產業工程”、“動物防疫體系工程”在年底才下達計劃，造成13%的國債資金財政部第二年才下撥。
(八)違規審批國家糧食局科學研究院科研樓項目，並安排投資6000萬元。
(九)國家中藥材儲備資金已損失或被擠佔挪用2.27億元。
今年6月份，審計長李金華在向全國人大常委會作彙報時曾提到，雖然近年來積極推進財政管理體制改革和投資體制改革，並取得了顯著成效，但科學規範的財政管理和投資管理機制尚未建立起來，預算分配還缺乏科學的標準，事責不清，透明度不高的問題仍然存在，部分資源配置和項目管理還缺乏公平和效率。這些問題需要通過不斷深化改革、加強管理，逐步加以解決。
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