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功能區是指基於不同區域的資源環境承載能力、現有開發密度和發展潛力等，將特定區域確定爲特定主體功能定位類型的一種空間單元。在全國國土空間結構上，一般可以劃分爲經濟區、農業區、生態區等，在單個城市空間結構上，可以劃分爲居住區、工業區、商業區、旅遊休閒區、自然保護區等。
《建議》要求，各地區要根據資源環境承載能力和發展潛力，按照優化開發、重點開發、限制開發和禁止開發的不同要求，明確不同區域的功能定位，並制定相應的政策和評價指標，逐步形成各具特色的區域發展格局。這是《建議》的一個新亮點，是基於我國國情的現實選擇，是實現區域協調發展的重大舉措，是落實科學發展觀的重要途徑。
第一，這是縮小區域差距的重要途徑。區域差距不是簡單的各區域之間經濟總量的差距，而是不同區域人民的收入水平、公共服務、生活水平的差距。促進區域協調發展，最終目的是要使全體人民享有小康社會幸福生活。因此，促進區域協調發展，既要繼續支持欠發達地區發展經濟、做大分子，也要逐步促使一些生態環境脆弱、發展經濟條件不夠好的區域的人口逐步轉移、縮小分母。
第二，這是從根本上改善生態環境狀況的重要舉措。我國相當一部分的國土屬於生態環境脆弱區域，其自然狀況難以支撐現有的且不斷增長的人口過上人均3000美元的小康生活。對這類區域來講，實現第一個翻番、達到人均1000美元，生態環境已經不堪重負。因此，謀劃區域協調發展，要跳出行政區的界限，用更廣闊的視野來考慮包括人口在內的各種生產要素的流動問題。從根本上扭轉我國生態環境狀況，必須按照不同區域的資源環境承載能力，引導經濟佈局和人口分佈適應自然，逐步實現“一方水土”與“一方經濟”、“一方人口”相協調。
第三，這是制定區域政策和完善評價體系的重要基礎。長期以來，我們對區域經濟發展的評價基本上是按各級行政區劃進行的。這雖然有利於調動行政區的積極性，便於區域政策操作，但很容易導致不同發展條件的地區之間盲目攀比，並使對地區發展的評價和區域政策有失客觀。對經濟區，必須評價其經濟發展的情況；對生態區，則不能把增加GDP放在第一位，主要應該評價生態環境保護的情況。按功能區劃構建區域發展格局，據此制定相應的政策和評價指標，打破了完全按行政區制定區域政策和評價地區經濟發展成效的做法，可以使地區評價更有針對性，使區域政策更加細緻。
明確不同區域的主體功能定位就是要在東中西和東北地區這一區域發展總體戰略佈局的基礎上，根據資源環境承載能力、現有開發密度和發展潛力，對下一個層面的不同區域進行主體功能區劃，逐步形成不同區域主體功能清晰、發展導向明確、開發秩序規範，經濟發展與人口、資源環境相協調的區域發展格局。優化開發區域是指國土開發密度已經較高、資源環境承載能力開始減弱的區域，要着力提高產業的技術水平，化解資源環境瓶頸制約，提升參與全球競爭的層次，成爲帶動全國經濟社會發展的龍頭和我國參與經濟全球化的核心區域。重點開發區域是指資源環境承載能力較強、集聚經濟和人口條件較好的區域，要充實基礎設施，增強吸納資金、技術、產業轉移和人口集聚的能力，加快工業化和城市化，增強區域輻射作用，逐步成爲支撐今後我國經濟發展和聚集人口的重要載體。限制開發區域是指生態環境脆弱、集聚經濟和人口的條件不夠好的區域，如退耕還林還草地區、天然林保護地區、草原“三化”地區、重要水源保護地區、重要溼地、水資源嚴重短缺地區、自然災害頻發地區等。禁止開發區域是指依法設立的各類自然保護區域，要依據法律法規規定實行強制性保護，嚴禁不符合功能定位的開發活動。(完)
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