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2006年1月6日贈臺大熊貓選定國臺辦和國家林業局宣佈16號、19號大熊貓“勝出”爲贈臺大熊貓，民衆起名“團團”、“圓圓”。
1月20日2006年兩岸春節包機兩岸各6家航空公司各執行36個往返班次，總計72個往返班次。並於2月7日圓滿結束。
4月中旬兩岸經貿論壇14日兩岸經貿論壇在北京舉行，15日論壇閉幕並通過“共同建議”。中臺辦主任陳雲林授權宣佈大陸未來進一步“促進兩岸交流合作、惠及臺灣同胞的15項政策措施”。16日，國家旅遊局、公安部和國務院臺辦等三部門聯合發佈《大陸居民赴臺灣地區旅遊管理辦法》。
4月16日二度“胡連會”中共中央總書記胡錦濤與國民黨榮譽主席連戰舉行二次“胡連會”，胡錦濤就推動兩岸關係和平發展提出四點建議。
6月14日兩岸就客運包機節日化和開辦專案包機達共識經過海峽兩岸航空運輸交流委員會與臺北市航空運輸商業同業會多次協商，就兩岸客運包機節日化和開辦專案包機的技術性、業務性問題達成共識。經雙方業務主管部門認可，這個安排自即日起實施。這意味着，兩岸客運包機將從原來的春節包機擴大到清明、端午、中秋、春節四個主要民族傳統節日期間的兩岸包機。
7月10日2006年臺胞青年千人夏令營“2006年臺胞青年千人夏令營”10日晚在北京開營。來自臺灣島內、港澳、海外以及在大陸求學的1300多位臺灣同學對於在6天中“有機會深入交流、認識彼此”。此次夏令營以“龍脈相傳，青春中華”爲主題，是2004、2005年以來全國臺聯第三次舉辦兩岸最大規模青年學生交流活動。
9月7日閩臺經濟合作促進委員會成立閩臺經濟合作促進委員會7日在廈門成立，福建省委書記盧展工任名譽主任，福建省長黃小晶任主任。聘請何厚鏵、張榮發、高清愿、郭臺銘等港澳臺以及東南亞知名人士27人擔任顧問。
9月18日兩黨臺商權益保障工作會談國民黨副主席江丙坤率團訪京與中共中央臺辦副主任鄭立中等人舉行第二次兩黨臺商權益保障工作會談，會後達成十項共識。
9月27日臺灣史上最龐大跨海進香團廈門謁祖24日，約6000名信衆分別搭乘飛機、客輪轉往廈門謁祖。27日，4300多人的臺灣媽祖聯誼會大型進香團與在大陸的2700百餘名臺商、臺胞，以及當地民衆、遊客共1萬餘人聚集在位於福建莆田湄洲島的媽祖祖廟，舉行大型謁祖進香祭祀大典，爲有史以來最大規模的臺胞來大陸交流團。
10月16日兩岸農業合作論壇16日兩岸農業合作論壇在海南博鰲舉行。全國政協主席賈慶林就進一步推進兩岸農業交流與合作提出四點建議。國民黨榮譽黨主席連戰指出，爲提升兩岸農業的競爭力，首先要突破“三通”的障礙。論壇並通過共同建議，大陸推出20項深化兩岸農業合作的新措施。
10月30日海峽兩岸醫療合作與交流論壇爲期兩天(30、31日)的“2006海峽兩岸醫療合作與交流論壇”在京舉行，論壇就進一步加強和深化海峽兩岸醫療衛生合作與交流，提出七項共同建議。
11月6日李炷烽提“金廈和平特區”金門縣長李炷烽提出，在“一國兩制試驗區”的架構下，成立“金廈和平特區”。
11月6日首屆“海峽兩岸法學論壇”首屆“海峽兩岸法學論壇”在京舉行，海峽兩岸150餘位法學界知名學者、經濟界、企業界與相關部門人士在此間出席首屆“海峽兩岸法學論壇”，討論“兩岸貿易與投資保護”。
11月11日“海峽兩岸客家高峯論壇” 11日，海峽兩岸客家高峯論壇在北京舉行，來自大陸、臺灣、香港的近200名各界客家菁英應邀與會。
12月4日兩岸就大陸居民赴臺遊磋商並交換意見據海峽兩岸旅遊交流協會相關負責人介紹，近日，海峽兩岸旅遊交流協會與臺灣海峽兩岸觀光旅遊協會，就大陸居民赴臺旅遊事宜又進行了技術性磋商，雙方就相互關心的問題交換了意見。
12月13日2007年兩岸春節包機時間確定從2007年2月5日開始，包機運行時間爲春節前後各14天。在此期間，雙方各執行48個往返班次，共計96個航次，飛行航點和2006年的春節包機一樣，即北京、上海、廣州、廈門和臺北、高雄。
12月13日海峽兩岸大學校長論壇“海峽兩岸大學校長論壇”在福州舉辦。經過一天半的研討，爲促進兩岸高等教育的創新，與會的兩岸大學校長達成了四點共識。
12月15日兩岸青年論壇中國共產主義青年團與中國國民黨青年團在北京共同舉辦兩岸青年論壇，並發表四點共識。這是國共兩黨青年組織首次共同開展的交流活動，是兩黨交流領域的進一步拓展。
12月16日北京公佈臺胞捐資建設奧運情況北京市僑辦主任喬衛表示，港澳臺僑同胞捐資建設的2008年北京奧運場館——國家游泳中心到位的捐贈資金目前已超6.5億元人民幣，其中來自臺灣的捐贈金額約6000萬人民幣。
12月22日第三屆京臺環保科技交流會由臺盟中央與北京市科學技術委員會共同舉辦的第三屆京臺環保科技交流會在北京舉行，來自臺灣環境工程技師工會的專家、學者、企業代表20餘人，北京專家、企業代表60餘人參會。
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