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資源與環境問題，已經成爲制約農業可持續發展和新農村建設的瓶頸問題。新近出臺的中央一號文件對此提出要加強農村環境保護，減少農業面源污染，並確定要鼓勵發展循環農業、生態農業，有條件的地方可加快發展有機農業。
來自有關部門的數字顯示，我國灌溉水的利用率僅爲45%左右；每年產生的6億噸作物秸稈、45億噸畜禽糞便80%以上未經資源化利用；農村生活垃圾露天堆放量超過1.2億噸；大量農村生活污水基本沒有處理直接排放。
而據農業部有關人士介紹，來自農業生產方面的污染也令人觸目驚心：目前全國受污染的耕地約有1.5億畝，佔耕地總面積的十分之一。一些地區由於長期過量使用化學肥料、農藥、農膜以及污水灌溉，使污染物在土壤中大量殘留，造成農作物減產和農產品質量下降。
農業部2006年開始實施生態家園富民行動，這一行動計劃“十一五”期間在500個縣(場)建設10000個資源良性循環的生態新村。今年農業部又確定，農村戶用沼氣新增量將高於上年，支持養殖場和養殖小區沼氣工程建設。支持甜高粱、木薯等生物能源作物的良種繁育和推廣種植，開展農作物秸稈生物氣化和固化成型燃料試點。加快實施退牧還草工程和京津風沙源治理工程。積極實施水生生物資源養護工程，增強漁業生態環境監測體系建設。
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