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國務院十餘個部委組成的跨部門醫改協調小組，在數次部際協調會議之後，有望形成醫改的初步原則和思路。
按照目前的初步思路，以公益性爲原則，以政事分開、管辦分離爲核心思路的醫改方案或將對目前醫療衛生體制中的四大體系、八大體制機制作出調整。
四大體系指醫療衛生投入體系、醫療服務體系、醫療保障體系及藥品流通體系；而八大體制機制則指醫療衛生管理體制、運行機制、投入體制、價格形成機制及監管、人才、信息、法律體制等。
上述思路目前還只處於討論階段。根據醫改小組的安排，醫改方案還將在各部委協調討論的基礎上，於8月底形成整體方案上報國務院討論。有關人士稱，某些問題目前尚存分歧，最終的醫改方案可能將於年底前出臺。
由於醫改總體方案形成的是大原則和思路，更爲具體的操作細節則需要由相關的配套措施來規範實施。
這些配套措施將包括：國家基本藥物制度、政府投入機制、價格形成機制、公立醫院運行機制有關規定、鼓勵社會資本進入醫療領域的有關規定等。
多年來，我國醫療體制改革備受詬病，一個根本的原因就在於政府投入不足，同時由於社會資本進入醫療領域門檻過高，公立醫院醫療機構佔到全國醫院醫療資源的90%以上，造成現在醫療資源供給短缺。
數據顯示，截止到2006年底，我國每千人醫院牀位數和醫生數分別達2.49和1.55人，居發展中國家的中上水平。但政府投入卻明顯不足，個人負擔過重。至2005年，我國衛生總費用爲8660億元，其中政府投入僅佔18%，社會投入佔30%，個人投入佔52%，而國際上政府投資則一般達到50%左右。
在本次醫改討論中，如何加大政府投入，把財政補貼到更需要的地方成爲醫改的關注焦點。
於去年9月成立的跨部門醫改小組，於今年5月底對由八家中立機構提供的八套平行方案進行了評審。儘管醫改小組並未就八套方案發表公開看法，但一位小組成員會後表示，八套方案爭議的焦點仍在於醫改到底是“補供方”還是“補需方”。
以國務院發展研究中心和北大爲代表的方案主張“補供方”，即通過加大對公立醫院的財政補貼，包括對醫務人員的制度安排，避免其營利性的工作動機，迴歸公立醫院的公益性質，從而保障大衆從公益性醫院中獲得免費或低費用的基本醫療服務。
但更多方案還是傾向於“補需方”。此種觀點認爲，醫療服務不應該完全依靠公共衛生機構，醫療服務不再是免費的，而要由市場定價，以此引導醫療機構爲贏得“客戶”而進行競爭，從而提高服務質量，降低價格。
此前的7月24日，國務院公佈了《關於開展城鎮居民基本醫療保險試點的指導意見》，提出到2010年實現基本醫療保險覆蓋全部城鎮非從業居民，財政將適當給予補貼。這是在新型農村合作醫療之後，財政再度增加投入，對作爲醫療衛生服務需求方提供補貼，以此增強居民對醫療服務的支付能力。
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