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上海合作組織的合作目前已涉及政治、安全、經濟、人文等領域，成績顯著。
(一)政治合作
加強和深化成員國的政治合作，是上海合作組織的一項主要任務。迄今所做主要工作和成就是：
解決邊界問題，鞏固成員國政治互信和睦鄰友好。《關於在邊境地區加強軍事領域信任的協定》和《關於在邊境地區相互裁減軍事力量的協定》的簽署，使中國同俄羅斯和中亞國家長達7000多公里的邊界徹底消除了冷戰遺蹟。此後，中國與俄和中亞國家相繼徹底解決了歷史遺留的邊界問題。各方確認，不允許利用本國領土從事損害任何一方主權、安全和社會秩序的活動。
在成員國關切的問題上以上海合作組織名義表示支持。在重大地區和熱點問題上加強協調與合作，對外以一個聲音說話。成員國多次闡述對阿富汗、巴以、伊拉克、朝鮮核問題等問題的共同立場。在聯合國安理會改革問題上，阿斯塔納峯會宣言強調改革應遵循最廣泛協商一致的原則，不應爲改革設立時限和強行表決尚有重大分歧的方案。
2004年6月，塔什干峯會通過《上海合作組織成員國外交部協作議定書》，規定成員國外交部就重大國際和地區問題開展各種形式的磋商和協調。
此外，成員國多次對外闡述對世界多極化、國際關係民主化、經濟全球化、多邊主義、文明多樣性、人權等問題的共同看法，努力推動建立國際政治經濟新秩序。
(二)安全合作
安全合作是上海合作組織的重點合作領域，核心是打擊恐怖主義、分裂主義和極端主義"三股勢力"。2001年6月15日，上海合作組織成立當天，成員國即簽署《打擊恐怖主義、分裂主義和極端主義上海公約》，在國際上首次對恐怖主義、分裂主義和極端主義"三股勢力"作了明確定義，並提出成員國合作打擊的具體方向、方式及原則。這發生在"9·11"事件之前，體現了成員國打擊恐怖主義的遠見卓識。上海合作組織由此成爲最早打出反恐旗幟的國際組織之一。
2004年，成員國相繼建立地區反恐怖機構和安全會議祕書會議機制，加之2002年建立的總檢察長會議機制，爲開展安全合作奠定了堅實的機制基礎。
爲震懾恐怖分子，2002年10月，中吉兩國率先在上海合作組織框架內舉行了雙邊聯合反恐軍演。這也是中國歷史上首次與外方舉行聯合軍演。2003年8月，成員國(除烏外)在中國和哈境內舉行了上海合作組織首次多邊聯合反恐軍演。2006年3月初在烏、吉、塔境內舉行上海合作組織執法安全部門聯合反恐演習，烏、吉、塔參加，中、俄、哈觀摩。
鑑於本地區販毒勢力與"三股勢力"相互勾結、爲其提供資金支持的現狀，成員國將禁毒作爲一項重要合作內容。2004年塔什干峯會簽署《關於合作打擊非法販運麻醉藥品、精神藥物及其前體的協議》。目前，成員國正在積極落實該協議。
上海合作組織還在反恐領域開展對外合作，派代表參加了聯合國反恐委員會組織的活動。上海合作組織與東盟和獨聯體簽署的合作文件中，均規定要在反恐領域開展合作。
(三)經濟合作
經濟合作是上海合作組織的另一重點合作領域。2001年9月阿拉木圖總理會議通過《上海合作組織成員國政府間關於區域經濟合作的基本目標和方向及啓動貿易和投資便利化進程的備忘錄》。2003年9月北京總理會議通過《上海合作組織成員國多邊經貿合作綱要》，規定了區域經貿合作的目標、重點領域和步驟以及實施機制。《綱要》規定要推進貿易和投資便利化和開展經濟技術合作，爭取至2020年實現商品、服務、資金和技術自由流動。2004年9月比什凱克總理會議通過《＜上海合作組織成員國多邊經貿合作綱要＞措施計劃》，提出了127個項目，涵蓋貿易投資、海關、金融、稅收、交通、能源、農業、科技、電信、環保、衛生、教育等領域。
目前，成員國建立了海關、質檢、電子商務、過境運輸、投資促進5個旨在推進貿易和投資便利化的專業工作組，並正在醞釀成立能源、通信工作組。開通了區域經濟合作網站。建立了上海合作組織實業家委員會和銀行聯合體。正在商談公路運輸便利化協定。
爲推動多邊經濟合作，2004年塔什干峯會上，胡錦濤主席宣佈向其他成員國提供9億美元優惠出口買方信貸。
(四)人文等領域合作
上海合作組織在文化、教育、環保、緊急救災等領域合作進展順利，取得積極成果。
上海合作組織已舉行兩次文化部長會議，通過2005年至2006年多邊文化合作計劃。2005年阿斯塔納峯會期間，舉行了成員國首屆文化藝術節，今年將在上海峯會期間舉行第二屆文化藝術節。
預計今年5月，將在北京舉行首次教育部長會議。成員國政府間教育合作協定已基本商定。關於相互承認學位、學歷的協定正在商談中。
去年阿斯塔納峯會上，胡錦濤主席宣佈3年內爲其他成員國培訓1500名不同領域的管理和專業人才。中方已開始落實該計劃，範圍包括行政管理、經濟發展、外交安全、專業技術、漢語學習等領域，包括短期培訓和長期的學歷學位教育。2005年已培訓166人。
2005年9月，成員國首次環保專家會議在莫斯科舉行，啓動環保合作。
2002年4月，緊急救災部門領導人舉行首次會議。2005年10月總理會議期間，各國緊急救災部門領導人簽署《上海合作組織成員國政府間緊急救災互助協定》。
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