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上海合作組織迄今已基本完成機制建設任務，建立起涵蓋不同層次、涉及衆多領域的較完善的機構體系，爲自身發揮職能和作用奠定了堅實基礎。
(圖表來源：上海合作組織祕書處網站)
(一)目前已建立國家元首、總理、總檢察長、安全會議祕書、外交部長、國防部長、經貿部長、文化部長、交通部長、緊急救災部門領導人、國家協調員等會議機制。每個會議機制的運作，均有相應的文件予以規範。
國家元首理事會是最高領導機構。負責研究、確定上海合作組織合作與活動的戰略、優先領域和基本方向，通過重要文件。元首例行會議每年舉行一次，通常由成員國按國名俄文字母順序輪流舉辦。舉行例行會議的國家爲本組織主席國。上海合作組織迄今共舉行了5次元首會議，分別於2001年6月在上海、2002年6月在聖彼得堡、2003年5月在莫斯科、2004年6月在塔什干、2005年7月在阿斯塔納舉行。[>>>歷屆峯會回顧]
(二)上海合作組織目前設有兩個常設機構——祕書處和地區反恐怖機構。
上海合作組織祕書處設在北京，2004年1月正式啓動。
祕書處是組織的常設行政機構，爲組織框架內的活動提供行政、技術和信息保障。主要職能包括：協助舉行組織的各種會議；參與制定組織的文件草案；協助落實組織通過的各項決議和文件；保管組織的文件、資料；收集、整理和傳播組織活動的信息；編制和執行組織常設機構的預算；代表組織同其他國際組織和國家開展交往。
祕書處編制30人。祕書長由成員國按國名俄文字母順序輪流擔任，任期3年。現任祕書長爲張德廣(中國籍)。
上海合作組織地區反恐怖機構設在烏茲別克斯坦首都塔什干，是上海合作組織成員國在打擊"三股勢力"等領域開展安全合作的常設機構。
2001年6月，《上海合作組織成立宣言》規定在比什凱克設立地區反恐怖機構。2002年6月聖彼得堡峯會簽署《上海合作組織成員國關於地區反恐怖機構的協定》。2003年莫斯科峯會決定地區反恐怖機構所在地由比什凱克改到塔什干。2004年1月地區反恐怖機構正式啓動。
地區反恐怖機構的主要職能是：準備有關打擊恐怖主義、分裂主義和極端主義的建議和意見；協助成員國打擊"三股勢力"；收集、分析並向成員國提供有關"三股勢力"的信息；建立關於"三股勢力"組織、成員、活動等信息的資料庫；協助準備和舉行反恐演習；協助對"三股勢力"活動進行偵查並對相關嫌疑人員採取措施；參與準備與打擊"三股勢力"有關的法律文件；協助培訓反恐專家及相關人員；開展反恐學術交流；與其他國際組織開展反恐合作。
地區反恐怖機構下設理事會和執行委員會。理事會是地區反恐怖機構的協商決策機關，由成員國反恐主管部門負責人或代表組成。執行委員會是常設執行機關，編制30人。最高行政官員爲執委會主任，任期3年。現任執委會主任爲卡西莫夫(烏茲別克斯坦籍)。
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