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據臺灣《聯合晚報》報道，馬英九最近表示，就職後將不會對陳水扁所涉“機要費”案“特赦”，讓司法程序走完。對此，臺灣“最高檢察署”特偵組已準備就“機要費”案分案偵辦，本案發展有可能兩種情形，一是陳水扁可能在“520”卸任當天即被依貪污罪起訴，或再經特偵組檢察官調查後起訴。
特偵組對重大敏感議題的響應低調到不行。發言人陳雲南表示，“還沒有發生的事，沒辦法說明！”但根據法院“組織法”規定，卸任“元首”涉案的調查權屬於特偵組，特偵組雖然目前還未分案，但高層已有屬意的辦案人選，由於檢方目前仍認爲陳水扁與吳淑珍是共犯，因此，可能分案後直接起訴或傳訊後再起訴。
2006年11月3日，前臺灣“高檢署”查黑中心檢察官陳瑞仁借調臺北地檢署，將“機要費”案依貪污、僞造文書罪起訴，被起訴者包括有“
第一夫人”吳淑珍、前“總統府”祕書馬永成、前“總統府”辦公室主任林德訓、出納專員陳鎮慧。
當時，檢察官陳瑞仁認定陳水扁是共犯，於起訴書中敘述犯罪事實提及“陳水扁先生”時，在其後以括號註記“俟其經罷免或解職後再行訴究”，根據陳瑞仁的說法，陳水扁兩度接受訊問，他都告知陳水扁是“被告”，且告知陳水扁應有的法律權利，陳水扁皆稱願意接受調查。
陳瑞仁對陳水扁偵查而未起訴的動作，後來被法界形容他視陳水扁爲“潛在性被告”，法界討論莫衷一是，原因在於臺灣法律賦予現任“元首”刑事豁免權。
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