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在“外鬆內緊”的策略中，疫苗的作用被有關官員提到了前所未有的高度。
據《雲南日報》報道，雲南省副省長孔垂柱在高文斌養殖場發生疫情後表示，要“把強化免疫作爲至關重要的環節，放在防控工作的首位，在(2005年)12月中旬以前使全省禽類實現100%免疫，不留死角”。農業部獸醫局副局長李金祥則在一次新聞發佈會上稱，截止到2006年6月全國家禽平均免疫密度在98%以上。
但實際上，且不說100%，哪怕98%都是一個難以實現的目標。
據云南省獸醫防疫總站站長宋學林介紹，100%免疫的目標只能在規模養殖戶中實現，而很多散養戶並未免疫。這樣算下來，全省禽流感免疫率爲80%多，其中經濟發達地區有90%多，邊遠地區則低一些。
他說，有的村民不願給家禽注射疫苗，比如擔心家禽受驚，或者擔心注射疫苗後由於個體差異造成家禽死亡；即使散養戶都願意注射疫苗，也缺乏疫苗注射的人力物力，“子彈問題解決了，還需要發射呀”。
不管怎樣，隨着中國推行強制免疫政策，禽流感疫苗已經成爲一個規模可觀的產業。那麼，耗資數以億元計的強制免疫究竟帶來了怎樣的效果？
國家禽流感參考實驗室主任陳化蘭在反擊管軼等人的論文時曾說，其實驗室的疫苗攻毒數據顯示，現行疫苗對南方水禽的毒株提供的保護非常好，可以說是100%的保護。
但恐怕並不是每個地方注射的疫苗都如此有效。在雲南楚雄州，2005年年底的春防禽流感病毒抗體合格率爲93%，並未達到100%，2006年的秋防效果更是不甚理想。
在2006年的秋防中，楚雄州獸醫站從省上定購了可同時預防禽流感和新城疫的二聯疫苗。該疫苗前年年底由國家禽流感參考實驗室研製成功。
但監測結果出來後，楚雄州獸醫站副站長李朝倉嚇了一跳：禽流感病毒抗體合格率只有14%，極少數養殖場的抗體合格率甚至爲零。
無奈之下，楚雄州獸醫站改用單苗(單獨針對禽流感的疫苗)重新進行免疫，最終抗體合格率爲72%。李朝倉說，據省上專家介紹，二聯疫苗本身沒有問題，問題可能在於養殖戶沒有遵守該疫苗的免疫程序等。
華南農業大學畢英佐教授表示，由於不瞭解楚雄此次疫苗事故的具體情形，很難做出針對性的評價。但他同時說，免疫並不是一針了事，其效果受到疫苗加工工藝、動物機體狀況、注射操作水平等多種因素影響。
如果那批二聯疫苗的確不存在質量問題，這次事故實際上暴露出動物衛生防疫體系中的薄弱環節之一：缺乏基層技術支持。
在中國動物衛生防疫體系中，最基層的是村獸醫或者說村級防疫員，但村獸醫的待遇低得可憐。“在這種情況下，我們經常得哄着村獸醫去做(防疫)工作，很多村獸醫主要靠公益心，”子午鎮獸醫站技術人員楊珂說，“還有吧，防疫針打得好的地方，動物疾病少了，獸醫收入就會下降。所以一些獸醫不那麼負責任，可能拿着針筒比劃一下，假裝注射。”
缺乏技術支持、村獸醫待遇低下不過是中國動物衛生體系漏洞的冰山一角。宋學林說：“獸醫是農業戰線最薄弱的一個環節，歷史欠債太多，待遇低、設備差、技術水平低，雖然最近幾年國家增加了投入，但遠遠不能補齊漏洞。”
楚雄州獸醫站站長楊培昌則對獸醫隊伍的業務素質特別擔憂：“州獸醫站年齡老化，編制已滿，沒有新的畢業生進來。而縣鄉鎮的機構改革中，很多不能做事的都被塞到獸醫站。”
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