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一是認識尚未完全到位。由於科學的幹部政績考覈體系尚未完全建立，許多地方對幹部的考覈仍主要側重於經濟增長、招商引資等內容，加之現行財稅體制方面的問題，一些地方片面追求經濟發展，把GDP增長作爲硬任務，把節能減排作爲軟指標，特別是一些市(地)和縣(市)還不夠重視，還沒有制訂節能減排總體性方案，責任不夠明確，措施也不夠具體。
二是淘汰落後產能總體進展緩慢。除淘汰小火電工作按計劃進行，淘汰落後鋼鐵、有色、水泥產能工作正在推進之中外，造紙、酒精、味精、檸檬酸等落後產能淘汰工作起步晚，進展遲緩；淘汰不徹底，一旦市場行情好轉，落後產能容易死灰復燃。進展緩慢的主要原因是，對部分落後產能底數不清，一些地方尚未確定淘汰落後產能企業名單和時間進度;淘汰落後產能退出機制尚未建立起來，對那些經合法批准、正常生產，但因國家提高行業准入門檻而納入落後能力的企業，由於涉及到職工安置、債務償還和資產處理等問題，特別是在經濟欠發達地區，一些企業是當地財稅主要來源，關停難度較大。
三是節能減排重點工程建設滯後。如今年計劃現有燃煤機組脫硫設施投運3500萬千瓦、設市城市新增污水處理能力1200萬噸/日(不含原有污水處理廠增加處理水量)，但上半年分別僅完成31%、25%。主要是投入和機制問題，尤其是城市污水處理廠的建設和管網配套資金不到位，嚴重影響了工程建設進度。
四是激勵政策不完善。鼓勵研發、生產和使用節能環保產品以及抑制高耗能、高排放產品的財政稅收政策還不完善，影響節能環保技術、設備、產品的研發和推廣。一些地方反映，差別電價增加的電費收入上繳中央國庫，在一定程度上影響了地方實施差別電價的積極性。
五是機制不健全。一些資源性產品的價格不能充分反映資源稀缺程度和市場供求關係。資源性產品的前期開發成本、環境污染的治理成本和資源枯竭後的退出成本沒有在價格中得到充分體現，企業開發利用資源的外部成本沒有內部化。資源性產品價格水平普遍偏低，如煤炭價格、居民用電價格、供水價格沒有反映資源補償和環境成本。“污染者付費”的原則沒有很好落實，如目前的污水、廢氣排污費徵收標準只相當於污染治理成本的一半，實際徵繳率更低，難以有效抑制浪費資源和損害環境的行爲。資源性產品價格與環保收費改革，由於涉及利益關係的重大調整、社會各方面的承受能力等問題，推進難度較大。
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