香港特區政府10月3日晚宣佈，從4日起至6日連續3天，特區政府各建築物的特區區旗會下半旗，以悼念在南丫島撞船事故中遇難的人士。

　　特區政府的新聞公報說，國務院獲悉特別行政區政府爲南丫島撞船事故遇難者致哀時下半旗的安排，向特區政府發出通知，4日起連續3日在特區政府各建築物及中央駐港機構的國旗下半旗致哀。

　　南丫島撞船事故至今造成38人死亡，其中包括至少5名兒童，成爲香港40多年來最嚴重的海事意外。據瞭解，事故傷者仍有20多人留醫。截至3日16時，仍有2人傷情嚴重或危殆。港府3日晚間公佈11名遇難者名單，表示是在徵得死者家屬的同意後，公開死者資料。香港電燈有限公司則修正船上人員數字爲127人。目前，涉及事件的“南丫IV號”和“海泰”號都已靠岸。政府多個部門包括警方、消防處以及政府化驗所人員，先後登上“南丫IV號”船骸調查。

　　香港特區政府已經宣佈，由於事故重大，且涉及公衆利益，決定在行政議會審議後，成立調查委員會，就事件進行調查。爲了保證調查委員會的獨立性、公正性，委員會通常會由有高度公信力而且獨立於政府的第三方人士出任，在行政長官及行政會議確定的工作及職權範圍內，就調查目標展開研究聆訊。

　　目前，兩艘船的兩名船長、五名船員，已因涉嫌在水上危害他人安全的罪名被拘捕。海事處會就事故展開調查，包括船隻結構，瞭解相撞過程，以及在航海中是否有違法等。